Es un sistema operado y mantenido por el National Center for Biotechnology Information (NCBI), parte de la National Library of Medicine, parte a su vez de los National Institutes of Health estadounidenses.
PubChem contiene tres bases de datos primarias, en continuo crecimiento: Con 10.2 millones de entradas, compuestos puros y mezclas.
(Más información en [1]) Cerca de 15.5 millones de entradas, contiene mezclas, extractos, complejos y sustancias no caracterizadas.
(Más información en [2]) (Más información en [3]) Se puede buscar en la base de datos mediante numerosos parámetros, incluyendo la estructura química, nombre de los fragmentos, fórmula química, peso molecular, XLogP y el número de enlaces de hidrógeno dadores y aceptores.
Cada resultado contiene información sobre sinónimos, propiedades químicas (incluyendo las cadenas SMILES e InChI), bioactividad y enlaces a compuestos relacionados estructuralmente, además de enlaces a otras bases de datos del NCBI, como PubMed.