La enfermedad es causada por toxinas producidas por ciertos dinoflagelados que viven en detritus y en las macroalgas asociadas a sistemas de arrecifes.
Las toxinas responsables de la ciguatera son: ciguatoxina-1, maitotoxina, escaritoxina, palitoxina, el ácido okadaico, y posiblemente otras.
Se reporta más toxicidad de estas toxinas en algunas islas tropicales, donde es mayor la fuerza de las olas al dañar a los arrecifes en los que se encuentran macroalgas; las tormentas o ciclones tropicales con lluvias abundantes, terremotos y olas gigantescas, preceden a los brotes de ciguatera; los arrecifes ciguatos pueden luego permanecer tóxicos durante muchos años.
Aunque es endémica de los trópicos y subtrópicos, actualmente la ciguatera se reporta también en áreas no tropicales.
Es difícil predecir la prevalencia, debido al poco registro y estadísticas para obtener una continuidad de datos confiables, aunque es frecuente en presentarse en países del Mar Caribe como Cuba, República Dominicana, Venezuela, Panamá, Trinidad y Tobago, y otras regiones de la zona como Puerto Rico, las Antillas Menores o la costa sur de los EE.
Las poblaciones más afectadas son los turistas y los que practican la pesquería en estas zonas reportadas.
El primer relato detallado del cuadro clínico fue en 1774 en Nueva Caledonia, por el capitán inglés James Cook.
Estas toxinas no afectan a los peces, por lo que es imposible determinar con un simple examen cuál es un pez de riesgo.
Los que la hayan padecido pueden experimentar un cuadro similar mucho tiempo después al ingerir carne de pescado, alcohol y hasta nuez.
Dicen que si a la carne de pescado se le frota una moneda y esta brilla tiene ciguatera.
Cada toxina tiene un mecanismo fisiopatológico diferente y complejo pero, en sentido general, todas inducen la despolarización de la membrana en los nervios al abrir los canales del sodio.
Entre otros síntomas se incluyen: exacerbación del acné, hipo, sialorrea, fotofobia, sabor metálico en la boca, oftalmoplejía, agitación, delirio, parálisis de los músculos faciales, espasticidad muscular, hiporreflexia, lesiones cutáneas, ceguera temporal, caída del pelo y uñas y descamación de la piel.