Enviado como oficial en 1880 a Sétif, Argelia, fue despedido al año siguiente por «indisciplina, acompañada de notoria mala conducta», aunque más tarde fue reincorporado para participar en la guerra contra el jeque Bouamama.
Para conocer mejor a los tuaregs, estudió su cultura durante más de doce años y publicó bajo un seudónimo el primer diccionario tuareg-francés.
Sin reaccionar con violencia, pronto comenzó a preguntarse acerca de Dios que, según su sentir, había afectado su vida tan cruelmente.
Más tarde escribió: Perdió su fe completamente hacia fines de 1874, el año en que estudió filosofía.
[F 6] En junio de 1876, se presentó a un examen escrito para ingresar en Saint-Cyr, donde obtuvo el 82.º lugar entre 412 alumnos.
[A 12] Llevó una vida disoluta con sus compañeros de la clase llamada «Plewna», grupo del que se sentía orgulloso.
Carlos mantenía comunicación epistolar regular con su amigo Gabriel Tourdes, en la que describía su profundo aburrimiento en Saint-Cyr y evocaba con nostalgia la vida con su abuelo.
Fue castigado muchas veces por desobediencia, por abandonar la escuela sin autorización, por llegar tarde y por no levantarse por la mañana.
Ella se mudó al apartamento de Carlos en Pont-à-Mousson donde comenzaron a convivir como marido y mujer.
La verdad no se puso en evidencia hasta que, días después del desembarco, llegaron las mujeres legítimas de los oficiales.
[A 23] Siguiendo el consejo de Mac Carthy, se reunió con el rabino Mordejái Abi Serur (en hebreo, מרדכי אבי סרור; más conocido por la transliteración al francés, Mardochée Aby Serour) quien se ofreció como guía y le sugirió que simulara ser judío para pasar desapercibido en aquel país,[18] por entonces prohibido para los cristianos y poblado mayormente por tribus que escapaban al control directo del sultán.
[A 25] Llevaba consigo todos los instrumentos de trabajo necesarios para su expedición: sextante, brújulas, barómetros, termómetros, mapas y documentos que escondió en su mula.
Estando todavía en Argelia, el 13 de junio se cruzó en Tremecén con oficiales franceses que no lo reconocieron.
Carlos subía a la terraza para hacer sus mediciones mientras Abi Serur vigilaba, desviando la atención de los eventuales curiosos.
Trabajó durante todo el año 1887 en la corrección definitiva de su obra Reconnaissance au Maroc (1883-1884) (traducido, Reconocimiento a Marruecos (1883-1884)),[B 22] que fue publicada en 1888.
[B 31] Posteriormente, visitó la gran Trapa ubicada en Soligny, pero la abadía le pareció a Carlos demasiado organizada y no suficientemente pobre.
[A 77][F 18] Carlos se mostraba aún más favorable: Laperrine parecía querer utilizar métodos mucho menos violentos que sus predecesores.
[B 61] Foucauld escribió durante ese período las Méditations sur les Saints Évangiles (Meditaciones sobre los santos evangelios).
Habiendo quedado solo, Carlos no pudo oficiar más la misa, que en esa época requería la asistencia de al menos una persona para poder celebrarse.
[B 74][F 32] Este episodio marcó una segunda conversión en Carlos de Foucauld, al aceptarlo como un llamamiento a un mayor abandono espiritual en Dios.
Carlos se reunió también con Louis Massignon, un joven francés convertido recientemente, que llegaría a ser uno de los grandes islamólogos del siglo XX.
Al saber que el general Hubert Lyautey era criticado por su gestión demasiado «pacífista» en Marruecos, Carlos de Foucauld lo alentó a no dimitir, y lo defendió.
[K 1] Pero los visitantes eran en verdad una banda de forajidos, senusistas y tuaregs disidentes, que había rodeado el lugar sigilosamente.
[13] Luego, unos veinte hombres entraron violentamente al interior del bordj: el plan de la banda era saquearlo y quizá tomar a Carlos como rehén.
[65] A la publicación de Chatelard siguieron muchas otras, como reseña el antropólogo francés Dominique Casajus.
En esa etapa de su vida se sintió atraído por el Corán, para más tarde apartarse definitivamente del mismo.
[C 9] Sin embargo, toda su vida estuvo marcada por su proximidad a las poblaciones musulmanas, tanto en la Trapa de Cheikhlé, en el Imperio otomano, como en Nazaret, y finalmente en Argelia.
[B 92] Animado por estas ideas creó el «rosario del amor», que podía ser recitado tanto por los musulmanes como por los cristianos.
[F 43] Además estaba persuadido de que los no bautizados podían alcanzar la salvación si «fueron buenos y justos»,[31] es decir, si obraban con corazón sincero regidos por el juicio de su conciencia, lo que sería recordado más tarde por el Concilio Vaticano II (Lumen gentium 16).
Carlos abandonó entonces todos sus deseos de fundaciones o conversiones, y se ofreció como un pobre a Dios.