[8] Ese era su valor militar, era «la puerta del sur»,[9] quien dominara Pasto controlaría las vías terrestres entre Nueva Granada y Perú.[12] Otra razón del rechazo a la causa independentista fueron las constantes guerras civiles entre las facciones revolucionarias durante la Patria Boba.[25] Esto no impidió el colapso del régimen colonial: en varias regiones realistas se formaron gobiernos locales nominalmente dirigidos por las antiguas autoridades.[32] Tenía antecedentes claros en los siglos anteriores, por ejemplo, para expandirse en zonas fronterizas los españoles se habían aliado siempre con algunos pueblos para conquistar a otros.[34] Algo similar vieron los esclavos, considerando que podían defender mejor sus intereses si se ponían como los indígenas a servir en la defensa del imperio.[35] Las lealtades más importantes para los individuos eran con la comunidad concreta a la que pertenecía en lugar de proyectos abstractos nacionales.[36] Los realistas también establecieron una alianza con el poderío limeño, que les dio un soporte militar e ideológico fundamental.Cualquier fuerza invasora venida desde Popayán debía primero atravesar la cuenca del río Patía, lugar de profundos cañones y donde había constante riesgo que las tropas enfermaran.Más al sur había que seguir por una serie de desfiladeros perfectos para las emboscadas, siendo los patianos muy diestros en realizarlas.[39] Los caminos eran de mala calidad, las distancias extensas y los mapas escasos (algo frecuente para todo el territorio neogranadino).[41] En conflicto independentista vivió tres etapas bien diferenciadas en Pasto según la historiadora Rosa Zarama (quien establece una división paralela para el caso de Coro).[42] La historiadora agregaría con posterioridad una cuarta etapa, 1824-1826, cuando los últimos resabios de las guerrillas combatieron al nuevo orden impuesto hasta su derrota.[7][52] Rápidamente, las autoridades españolas acusaron a los juntistas quiteños de aliarse con los franceses para traicionar al rey.Sin embargo, al día no se había retirado como esperaban los pastusos y el 13 ordena marchar secretamente al sur para atacar (incluso le pone trapos a los cascos de los caballos para no hacer ruido), pero en Catambuco se encuentra con milicianos pastusos.McAulay inició un romance con la hija de Montes, Claudina, en Puerto Rico y la acompañó secretamente en la ruta hacia Maracaibo.[64] El 27 de agosto, temerosos por los rumores que 3000 pastusos avanzaban sobre Popayán, los republicanos se retiraron al Valle del Cauca.[55] A diferencia de otros territorios fielmente realistas, Pasto no obtuvo premios por su esfuerzo: el presidente Montes de la Audiencia quiteña, no envió al rey las primeras cartas donde mencionaba la sangría pastusa, había muy pocos peninsulares como para que ejercieran presión, estaba muy lejos y su importancia económica era ínfima.[94] Pasto parecía finalmente sometida, con una pequeña guarnición republicana instalada en ella, pero este acontecimiento solo dio lugar a dos violentas rebeliones populares.Agualongo fue capturado tras la derrota realista en Pichincha que permitió al general Antonio José de Sucre tomar Quito.[97] Desde entonces, mestizos e indios liderarían y formarían las guerrillas exclusivamente animados por los abusos que sufrieron por las tropas ocupantes.[101] Así, el jefe militar de Pasto, José María Obando (1795-1861), personaje que atrajo consigo a numerosos líderes pastusos.Oficial realista hasta 1822 y luego republicano, en 1828 se alza con José Hilario López (1798-1869) contra Bolívar, en 1829 se vuelve lugarteniente de Bolívar, en 1830 autonomista aliado con los quiteños de López y desde 1831 centralista neogranadino que asegura la soberanía del Cauca para Bogotá.[106] Obando, apoyado por López, se alza en 1830 contra la dictadura de Urdaneta, armando 1000 exguerrilleros pastusos y patianos en sus haciendas del Cauca, su «"Ejército Libertador"».[128] Como si fuera poco, los pastusos juntaron un ejército de 2000 combatientes que inició una inesperada marcha triunfal sobre Ibarra, donde esperaban encontrar un importante respaldo político y militar.El 14 de diciembre Mires entró en Pasto con 500 infantes, 100 jinetes y 2 cañones,[137] siendo relevado por Córdova, viajando luego a Quito.Agualongo y sus principales jefes quedaron en el interior del convento de las monjas Conceptas que Flores cercó, pero ante la intervención del vicario de la ciudad se iniciaron conversaciones que duraron dos días solamente pues Agualongo y los suyos huyeron a Barbacoas.Un día después, el grueso de los pastusos intentó asaltar la ciudad, pero fueron rechazados, procediendo a rodearla y quemarla.[141] Clave en esto fue que Flores, en alianza con la élite local, formó partidas contrainsurgentes al mando de Nicolás Chaves y Tomás Miguel Santacruz.[139] El día 24 de junio Agualongo llegó a la localidad del Castigo y en la jornada siguiente apareció Obando.Obando se había adelantado para llevar la noticia a la ciudad, dejando al capitán Córdoba encargado de su traslado.