[2] La región biogeográfica del Pacífico colombiano se caracteriza por valles estrechos que se amplían poco a poco para formar amplias vegas inundables con playas, pantanos arbustivos, bosques anegados y ríos permanentes.
Se dice que el vocablo Baudó significa en lengua noanamá o waunana, «río de ir y venir»,[3] posiblemente debido a las mareas del Pacífico que a la altura de las bocas del Baudó en Pizarro, alcanzan hasta cuatro metros de diferencia vertical entre el flujo y el reflujo.
Presenta su límite norte en el punto conocido como pantano José Ángel (N 04° 58'; W 77° 23’), sigue con dirección sur al oriente del municipio del Bajo Baudó-Pizarro (N 04° 57’; W 77° 22’), cruza el río Baudó, incluye todo el sistema de bosque inundable de las bocanas de los ríos Usaragá y Dotenedó continúa en dirección sur pasando por Sivirú hasta llegar a la Ensenada de Docampadó, donde, en la Isla Playa Nueva (N 04° 48’; W 77° 22’), se ubica el límite meridional.
Entre los peces que se reproducen en los humedales figuran la mojarra (Cichlasoma kraussii), Hoplias malabaricus (quicharo o moncholo en la zona) y el mújol, así como la sabaleta, la mojarra.
La reserva incluye dos biomas principales, uno es el situado en la costa del Pacífico, con arrecifes, manglares, bosque tropical en ecosistemas tan diversos como acantilados, estuarios, costas, golfos, ensenadas, bahías y zonas marinas, y el otro es el bosque húmedo tropical de la serranía del Baudó.