Desemboca en el océano Pacífico, en Litoral de San Juan, en los límites con el departamento del Valle del Cauca, a través de un delta de unos 300 km², denominado «Siete Bocas», y que está situado a unos 60 km al noroeste del puerto de Buenaventura, Valle del Cauca, e incluye numerosas islas rodeadas de manglares.

El caudal del río ha sido observado durante 25 años (1965-1990) en Peñitas, ubicada a poca distancia de su desembocadura en el mar.

[1]​ En Peñitas, el módulo de flujo anual promedio observado durante ese período fue 2055 m³/s, para una superficie estudiada de más o menos 14 000 km², o sea más del 90 % del total de la cuenca del río.

La lámina de agua, que mide el flujo vertido de las precipitaciones en la cuenca del río, asciende a 4630 milímetros por año, que se debe considerar muy alta.

Como río de la región ecuatorial, el San Juan es alimentado abundantemente durante todo el año.