Se encuentra a 75 km de la capital del departamento, Quibdó, y a 79 m s. n. m. Istmina se encuentra localizado en 87% aproximadamente sobre la cuenca media del río San Juan, y el restante 13% sobre la cuenca del río Atrato.

Istmina tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: En 1784, la Corona española le concedió a la señora doña María Rosalía Urrutia los títulos sobre los terrenos que ella denominó Minas de San Juan Evangelista, ubicados en la margen izquierda del río San Juan, frente a la población actual (terrenos que actualmente llevan el nombre de Cubis).

La señora Urrutia estableció en el lugar un campamento minero con más de 200 esclavos africanos.

El primer caserío que se formó fue Boca de San Pablo, que pasó a ser propiedad del señor José Rafael Mosquera, oriundo de Popayán.

Como dato estadístico Istmina presenta un área muy parecido a los municipios de Cáceres y Yondó del departamento de Antioquia.