Su crecimiento poblacional inició entre los años 1930 y 1940 cuando se comenzó a construir una línea de ferrocarril y muchos emigrantes llegaron aquí a trabajar en esa obra, lo que permitió el inicio de su desarrollo como ciudad.
Puerto Peñasco es llamado también "Rocky Point" y "La playa de Arizona" por los estadounidenses.
[13][14] Los primeros residentes en esta zona fueron los pescadores Víctor Estrella, Espiridión Estrella, Manuel Bastida, Melquiades Palacio, Luis Mercado, Juan Mercado, José Luis Lucero, Julián Angulo, Martín Angulo, Dolores Matus, Antonio Sandoval, Esteban Pívac, Juan Bankijia, Jesús Sánchez Miranda, Benjamín Bustamante y Tecla de Bustamante, la última considerada como la primera residente permanente.
[17] Al hotel lo llamaron "Marine Club",[18] que en la actualidad se llama "Hotel La Roca",[14] y es edificio emblemático de la ciudad por su construcción totalmente de piedra, que fue traída desde el cerro de la Ballena y fueron cortadas en bloques por artesanos, casi uniformemente iguales en tamaño y forma.
Diseños ejecutados por la Dirección General del Ferrocarril (Sonora-Baja California), ayudando en los trazos y la planificación a futuro de la ciudad prevista en la que se convertiría.
Durante ese mismo tiempo la pesca de camarón y su explotación por japoneses,[16] estaba teniendo un impacto en la economía local.
[19] Conectando así el estado de Arizona con la ciudad, enlazándose con la ruta 85 del lado estadounidense.
[17] En el año de 1965 la geografía del territorio del municipio fue estudiada por la NASA para llevar a cabo prácticas en la región de la sierra del Pinacate por su parecido a la corteza de la Luna, llegando a ese lugar los astronautas Alan Shepard, Buzz Aldrin y Neil Armstrong para ejecutar dichas prácticas.
[22] Las playas del municipio que tienen una longitud de 110 km, no contaban con casi ningún desarrollo turístico.
El gobierno federal aportó 2 millones de pesos en infraestructura, especialmente carreteras y un aeropuerto y el área fue declarada zona libre, es decir, los extranjeros podrían visitar la zona sin visa (aunque el pasaporte aún era necesario).
En un tiempo relativamente corto, Puerto Peñasco se convirtió en un importante centro turístico del norte de México.
[22] La mayoría de los visitantes venían al lugar por las playas y la pesca recreativa.
Un gran número de condominios frente al mar comenzaron a ser construidos, como el fraccionamiento Las Conchas, Costa Diamante, Las Palomas Beach & Golf Resort, Sonoran Resorts, Bella Sirena, Las Palmas, Casa Blanca, Hesmeralda, Puerta Privada entre otros.
Puerto Peñasco se hizo popular entre la gente jubilada, especialmente los de los Estados Unidos que llegaban en remolques y vehículos recreativos.
[23] Sin embargo, también había jubilados aquí de otros países, como Canadá, China y España.
El ejercicio gubernamental recae en el presidente municipal y su gabinete, electos cada 3 años.
La reglamentación municipal se basa en el bando de policía y buen gobierno.
La ciudad pertenece a los siguientes distritos electorales: Debido a su gran potencial en recursos marinos, una de las principales actividades económicas de la ciudad es la pesca y su comercialización, para lo que cuenta con una gran flota pesquera y varias empresas procesadoras.
[37] En la zona existen grandes proyectos habitacionales de hasta 500 condominios, entre los desarrollos destacan Sandy Beach Resorts, Costa Diamante, Sonoran Resorts, Bella Sirena, Las Palmas, Las Palomas Beach & Golf, Mayan Palace Resort.
Del año 2000 al 2004 este Puerto ya contaba con aproximadamente 2,095 viviendas residenciales, 921 condominios distribuidos mayormente en zonas residenciales como plaza Las Glorias, la zona hotelera Sandy Beach y Playa Encanto contabilizando un total de 1953 habitaciones.
Al suroeste Puerto Peñasco se encuentra conectada con Heroica Caborca por la carretera estatal 37, y al noroeste se conecta con Golfo de Santa Clara por la carretera costera.
Lo anterior, se realizó en tanto se construía el nuevo aeropuerto del Mar de Cortés, con capacidad de atender aeronaves comerciales del tipo Boeing 767 o similares, el cual se desarrolló mediante una alianza entre el Gobierno del Estado de Sonora y Grupo Vidanta.