[6]​ Tiene límites administrativos con los siguientes municipios y condados según su ubicación: El territorio de Caborca es mayoritariamente plano con un claro declive en sentido norte a sur que termina en la costa del Golfo de California, sin embargo, es surcado por algunas serranías que elevan el terreno como la Sierra el Álamo al centro del territorio y la Sierra el Viejo en la zona sur, la Sierra la Gloria al oeste y la Sierra la Manteca en el extremo norte, estas sierras se encuentran territorialmente aisladas la una de la otra y constituyen picos elevados en medio de la extensión desértica.

[8]​ El principal río del municipio es el río Asunción que recorre el centro del territorio en sentido este a oeste hasta su desembocadura en el Golfo de California, su principal afluente el río Magdalena que se une al Asunción en el extremo este del municipio, son afluentes del Asunción además el Arroyo el Coyote y el Arroyo el Plomo, así como numerosas corrientes menores que descienden de las serranías únicamente en época de lluvias.

[10]​ Al estar localizado en mayoritariamente en el Desierto de Sonora, el clima de Caborca es sumamente extremo y caracterizado por sus elevadas temperaturas y baja pluviosidad, la mayor parte de su territorio registra un clima Muy seco semicálido, existiendo además dos pequeñas zonas con otro tipo de clima, en su extremo norte el clima es seco semicálido y un sector del centro-este clima Muy seco muy cálido y cálido;[11]​ la temperatura media anual que se registra en la mayor parte del territorio es de 20 a 22 °C, con la excepción del noreste y un sector en el centro-este es de 22 a 24 °C;[12]​ la pluviosidad promedio anual se divide en cuatro zonas, la más al oeste en la costa del Golfo de California es inferior a los 100 mm, la más seca de Sonora y una de las más secas del país, le siguen sucesivamente hacia el este franjas de 100 a 200 mm, 200 a 300 mm y finalmente 300 a 400 mm en el extremo noreste del territorio.

[13]​ El territorio municipal se encuentra cubierto al norte, este y sur por matorral, y en la zona oeste por el desierto, al centro del territorio se encuentra una zona dedicada a la agricultura mediante sistemas de riego,[14]​ las principales especies vegetales son las características de las zonas desérticas como mezquite, gobernadora, nopal, idria, cirio, copalquin elefante, candelilla, agave y cardón; las principales especies animales están representados por sapo, sapo toro, tortuga de desierto, cachora, víbora de cascabel, camaleón, víbora sorda, coralillo, bura, venado cola blanca, borrego cimarrón, berrendo, puma coyote, jabalí juancito, ratón de campo, tórtola churrea, tecolote cornudo, cardenalito, cuervo cuello blanco, aura, zopilote, gavilán ratonero, halcón negro y güilota.

Desde la cabecera municipal hacia el sur parte otra carretera inicialmente pavimentada que posteriormente se comunica en terracería y termina en Puerto Lobos, otra población costera del Golfo de California.

El gobierno del municipio es ejercido por el Ayuntamiento, que es electo por voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que no pueden ser reelegidos para el periodo inmediato pero si de forma no continua, el ayuntamiento lo conforman el presidente municipal, el síndico y el cabildo formado por seis regidores, cuatro electos por mayoría y dos por el principio de representación proporcional; todos entran a ejercer su cargo el día 16 de septiembre del año en que se llevó a cabo su elección.