[4]​ La principal corriente fluvial del municipio es el río Sonoyta que corre casi paralelo a la Frontera entre Estados Unidos y México pasando por la cabecera municipal de la que recibe su nombre y luego tuerce hacia el sur, internándose en Puerto Peñasco y finalmente desagua en el Golfo de California, existen además algunos otros afluentes del Sonoyta, como el río Guadalupe que cruza el sureste del municipio.

[6]​ El municipio de General Plutarco Elías Calles se encuentra ubicado en una de las zonas más secas y calurosas de México, el Desierto de Altar, parte del gran Desierto de Sonora, es por ello que su clima es extremoso, todo el territorio registra un clima clasificado como Muy seco semicálido;[7]​ la temperatura media anual se registra en un rango de 20 a 22 °C;[8]​ y la Precipitación Promedio Anual se divide en tres regiones sucesivas en sentido este-oeste, la más oriental tiene un promedio entre 200 y , la central tiene un promedio entre 100 y finalmente la más occidental su promedio es inferior a las , el más bajo en México.

[9]​ En prácticamente todo el municipio el tipo de vegetación dominante es el matorral, destacando las cactáceas, y siendo simbólico de la región el sahuaro, planta que llega a alcanzar alturas importantes, en algunas regiones el suroeste y sur del municipio el clima llega a ser tan riguroso que no existe prácticamente vegetación, siendo pracitamente desierto de arena.

Con anterioridad a 1990 no existen datos específicos de la población del municipio de General Plutarco Elías Calles debido a que no existía como entidad autónoma, sino que era parte del municipio de Puerto Peñasco.

[13]​ La principal etnia que habita en el municipio son los tohono o'otham, más comúnmente conocidos como pápagos, aunque este término es considerado despectivo por ellos mismos, los tohono o'otham son una de las comunidades indígenas más pequeñas en México, habitan en todo el noroeste de Sonora, estando sus mayores concentraciones en los vecinos municipios de Caborca, Puerto Peñasco, Altar y Sáric, además del estado de Arizona en los Estados Unidos donde habitan en varias reservas.