El periodo merovingio se conoce poco, debido a la escasez de fuentes textuales.
Es verosímil que los reyes merovingios, durante sus estancias en París, residieran en la Ciudadela de la Cité, todavía rodeada por los muros del Bajo Imperio.
El hecho de que hiciera establecer allí un taller monetario confirma la importancia del lugar: las monedas salidas de este taller llevan la inscripción Palati moneta, y representan a San Eloy.
Establecido, sin dudas, sobre los cimientos antiguos, el nuevo cuerpo del edificio albergó la Sala del Rey (Salle du Roi), que las cartas denominaban Aula Regis (la futura Sala Principal, pero de extensión más reducida).
No obstante, en ellos se confirma claramente, desde el siglo XI, la existencia de una Sala del Rey.
Luis el Gordo (1108-1137) parece haber procedido a añadidos y restauraciones importantes.
[8] Esta, con su alta techumbre, se levantaba en posición central en relación con el cuerpo de los edificios que dominaba.
Las crecidas del Sena solían aislar la Isla, obligando al soberano a refugiarse en la abadía de Santa Genoveva, por ejemplo, en 1197.
En esta torre se realizaban los interrogatorios,[17] por orden del juez de la Torrecilla, con jurisdicción criminal.
[18] Se sabe que San Luis consumó su matrimonio en el Aposento Verde, habitación lindante con el oratorio, situada al norte de la vivienda del rey, aunque habitualmente se acostaba en los Aposentos del Rey, aposento superior contiguo a la Sala del Rey, y tomaba sus comidas en el nivel inferior de este último.
En el patio, la magnífica escalera llamada Grand Degré (gran peldaño) ascendía hasta la galería de los merceros (galérie des merciers') que San Luis había hecho construir para acceder directamente desde sus aposentos a la capilla superior de la Sainte-Chapelle.
Se sabe a qué estaban destinados los edificios durante el reinado del hijo de San Luis.
[21] Felipe IV expropió a los ocupantes de los enclaves que entonces fragmentaban el terreno real.
La Sala de los Gendarmes (Salle des Gens d'Armes), instalada bajo el Gran Salón, servía de refectorio para el numerosísimo personal empleado al servicio del rey (en torno a 2000 personas).
Este pequeño edificio se llamó más adelante "Vivienda", "Hostel", o incluso "Casa de los Baños del palacio".
Desde entonces, este último solo sirvió para los banquetes reales y los lechos de justicia.
Charles V hizo realizar numerosas obras para mantener y embellecer el palacio de la Cité.
La Guadia del palacio, convertida en residencia honorífica y ocasional, se le confió a un conserje.
En 1383, se reemplazó igualmente la aguja de la Sainte-Chapelle, cuyo armazón estaba podrido, por una nueva, gracias a Robert Fourcher.
Para magnificar las ceremonias que se desarrollaban en ella, hizo edificar una escalera monumental cubierta de bóvedas rampantes.
Esta escalera, que ha sufrido numerosas modificaciones, se conservó, en ruinas, hasta principios del siglo XIX.
Célebre gracias a los grabados de Israël Silvestre, Pérelle y muchos otros artistas, su fachada oriental es muy conocida.
[35] En 1686, Libéral Bruant levantó un nuevo edificio para la Corte de la Moneda (cour des Monnaies).
El soberano aprovechó la ocasión y decidió despejar la entrada principal del palacio.
Se los separaba inmediatamente de los otros presos y eran conducidos, los hombres, a las dependencias que había tras el mostrador de la secretaría, y las mujeres a unas pequeñas celdas situadas en el pasillo central.
Cuando el verdugo y sus ayudantes llegaban, se los reagrupaba a todos en el vestíbulo, bautizado como sala del aderezo (salle de la toilette) para ser despojados de sus efectos personales, rapados y atados allí.
Durante el Terror, pasaron por la Conciergerie 2768 personas sospechosas de actos antirrevolucionarios, entre las cuales estaban: Bajo el Primer Imperio, la Sainte-Chapelle se transformó en un depósito anexo a los Archivos Nacionales, y conservó esta designación hasta 1837.
Las cuatro torres que dan al Sena constituyen vestigios de la Edad Media, las fachadas se construyeron en el siglo XIX.
Antiguo refectorio del Palacio, estaba reservada como prisión para los hombres, y dividida someramente en calabozos.
Luis XVIII hizo erigir en la celda misma de la reina, dividida por un muro, una capilla expiatoria.