Durante largo tiempo se pensó que una pequeña tribu gala llamada los parisii vivía en la isla desde 250 antes de Cristo.

La zona era rica en pesca y en caza y el acceso de un lado a otro del Sena era más fácil gracias a la estrechez del río.

Toda esta zona de París era inundable o pantanosa, como la zona luego llamada Le Marais ('La Marisma'), y la propia isla se inundó completamente en fecha tan tardía como el año 1197.

Fueron especialmente las obras decididas por el Barón Haussmann las que aportaron los mayores cambios en la isla de la Cité desde la Edad Media.

Estas transformaciones radicales suscitaron vivas protestas y siguen siendo criticadas hoy en día por la desaparición del corazón histórico de París y de su historia milenaria.