[15] En la segunda mitad de su reinado, el rey Fernando VI lleva a cabo una serie de importantes reformas, destacando las llevadas a cabo entre 1754 y 1755 que supusieron la clasificación definitiva de las Secretarías del Despacho y sus competencias.[16] En 1763 se nombra al primer archivista de la Secretaría, siendo ésta la fecha en la que se considera que se funda el Archivo General del Ministerio de Justicia, aunque desde que se creó el órgano en 1714 existió entre su plantilla una persona encargada de la coordinación de los papeles del archivo.[18] De esta forma, todo lo relativo a la justicia, los Consejos y asuntos eclesiásticos del ámbito de las Indias que hasta ese momento eran asumidos por la Secretaría de Gracia y Justicia se atribuyen a una nueva Secretaría propia.[18] Sin embargo, esta reforma no acabó con los problemas que había intentado remediar, por lo que por Real Decreto de 25 de abril de 1790 se vuelve a la ya clásica división en cinco Secretarías del Estado y del Despacho (Estado, Guerra, Marina, Hacienda y Gracia y Justicia), cada una de las cuales se repartió los asuntos correspondientes a las Indias.[22] Durante toda la primera mitad del siglo, el término Secretaría de Estado, Secretaría del Despacho y Ministerio se utilizan como sinónimos, llegando el término «ministro» a ser recogido en la Constitución de 1837.[24] En 1840 el regente provisional del Reino cedió al Ministerio de Gobernación de la Península «todos los negocios sobre división del territorio, así en lo civil como en lo económico, militar, judicial y eclesiástico» que hasta entonces poseía Gracia y Justicia.[25] Ya hacia 1851, con Ventura González Romero como ministro, se reorganiza al completo el Ministerio, estructurándose mediante la Subsecretaría, de la que dependían cinco secciones —personal de la administración de justicia, fiscalía y del ministerio; negocios eclesiásticos; asuntos civiles y contenciosos; negocios criminales; y asuntos generales—, y una dirección de contabilidad de culto y clero, que dependía directamente del ministro.[27] Pocos meses después, debido al estrecho contacto que tenía el Departamento con el mundo religioso —actor muy importante en el mundo de la educación en ese momento— se integra en el ministerio la Dirección General de Instrucción Pública.[28] Asimismo, como responsable de los asuntos eclesiásticos, se le adscribieron el Vicariato General Castrense, todo lo relativo a obras pías y la Obra Pía de los Santos Lugares de Jerusalén y lo relativo a la designación de eclesiásticos que se tuviera que hacer en establecimientos públicos de beneficencia u similares financiados por cualquier administración pública, que hasta entonces estaban en otros departamentos.[32] Sin muchos más cambios relevantes en lo orgánico, salvo la creación en 1861 de la Dirección General del Registro de la Propiedad (actual Dirección General de Seguridad Jurídica y Fe Pública),[33] y obviando la inestabilidad posterior a la Revolución gloriosa, que provocó continuos cambios orgánicos en la estructura del Gobierno, cabe resaltar el caso de las prisiones.[37] Asimismo, se creó una Secretaría auxiliar para asistir de forma técnica al ministro y para atender reclamaciones.[38] Tres años después el departamento se renombró como Ministerio de Justicia y Culto.[43] Durante los primeros cinco años de la joven república, la estructura del ministerio fue la misma que la establecida en 1930 por el gobierno de Dámaso Berenguer, que no era otra que la existente antes de 1925 (por supuesto, sin las secciones y negociados más próximos al régimen de monarquía, como era todo lo relativo a prerrogativas regias, títulos y grandezas).[46][47] Durante la Guerra Civil, ambos bandos tuvieron sus propios órganos ministeriales relativos a la justicia.Por su posterior relevancia, cabe mencionar la estructura establecida por el bando sublevado en marzo de 1938.[48] Durante toda la dictadura, el Ministerio se mantuvo muy estable, con pequeños cambios orgánicos sin relevancia y la consolidación de las direcciones generales como órgano fundamental.[53] Esta fusión duró dos años y, si bien se trató de un periodo de tiempo corto, dejó diversos cambios y novedades que se mantienen hoy en día.Temporalmente se trasladaron al Palacio del Buen Retiro y, una vez estuvo finalizado, se instalaron en el nuevo Palacio Real.[3] El Palacio ha sufrido numerosas reformas, destacando la ampliación llevada a cabo por el arquitecto Javier Barroso entre 1942 y 1949, quien introdujo las torres laterales de estilo herreriano.Por último, los organismos autónomos del Ministerio, la Mutualidad General Judicial y el Centro de Estudios Jurídicos, tienen sus propias sedes.
Manifestación por la libertad de culto frente a la sede del Ministerio. 1869.
