Siendo ministro de Hacienda, la reforma fiscal de 1977 constituyó un éxito en su vida política ya que supuso la modernización de la tributación española con arreglo al modelo dominante en el resto del mundo occidental, introduciendo el impuesto sobre la renta y le sirvió para ganarse la confianza del presidente Adolfo Suárez, que posteriormente lo nombró ministro de Justicia cuando remodeló su gabinete en septiembre de 1980.

Su nueva formación política acabó integrándose en el Partido Socialista Obrero Español (PSOE), de manera que, cuando ganaron las elecciones de 1982, Francisco Fernández Ordóñez continuó su actividad política presidiendo el Banco Exterior hasta junio de 1985.

Desde este ministerio pudo ser protagonista de la apertura internacional que protagonizó España en la década de 1980 con Felipe González en la presidencia.

Sin embargo, siendo todos estos momentos de especial significación para el país y para el ministerio dirigido por Fernández Ordóñez, el logro que más le satisfizo fue la celebración en Madrid de la Conferencia Internacional de Paz entre árabes e israelíes, en 1991.

Su hermano Miguel Ángel fue gobernador del Banco de España.