[25] Se clasificó para su primer torneo de Grand Slam en Roland Garros, donde perdió en primera ronda con el ex número 1 del mundo, Juan Carlos Ferrero, en cuatro sets.En su primer partido sobre césped en el Torneo de Queens Del Potro venció a Thomas Johansson en dos sets[34] y en segunda ronda perdió ante Rafael Nadal.Luego se clasificó para el Masters de Roma pero perdió en primera ronda ante Andy Murray 7-5, 4-6, 0-1 y retiro del tenista argentino.Logró clasificarse por primera vez en su carrera a la Tennis Masters Cup, disputada en Shanghái, convirtiéndose en el sexto jugador argentino en participar del prestigioso torneo.A la semana siguiente, en el Masters de Miami, derrota en segunda ronda al también argentino Martín Vassallo Argüello por un doble 6-2.En semifinales le ganó a Rafael Nadal en un partido sin complicaciones por un triple 6-2, donde demostró su mayor rendimiento desde el inicio de su carrera deportiva.[64] Pasó a los octavos de final tras ganar en tercera ronda,[65] pero es derrotado por Marin Čilić en un partido muy ajustado que se definió en el quinto set.[71] En segunda ronda enfrentó a Marcos Baghdatis, con quien perdió por 1-6, 3-6, 6-4, 3-6, pero mostró una notoria mejoría en su juego, aunque sin igualar el rendimiento de su rival.En tercera ronda tenía que enfrentarse ante el n.º 1 del mundo, Rafael Nadal, pero no se presentó debido a una molestia en la cadera.[143] En el Masters de Miami alcanzó la cuarta ronda, pero no tuvo muchas posibilidades ante David Ferrer y perdió por un doble 6-3.Como consecuencia de su baja, la organización del torneo le envió un Wild Card a David Ferrer, el tenista español aceptó la invitación.En la final derrotó al gigante estadounidense John Isner por 3-6, 6-1 y 6-2, logrando así su tercer título en el Torneo de Washington.Se enfrenta al número 3 del mundo Stan Wawrinka (futuro ganador) que gana en 4 sets por (5)6-7, 6-4, 3-6 y 2-6 en un partido físico e intenso de más de tres horas,[217] soltaría algunas lágrimas mientras el público le brindó una rara ovación cuando Wawrinka sacaba para partido por 5 a 2 en el cuarto set.[219] En octubre, recibió un Will-Card para jugar el Masters de Shanghái y allí perdió en primera ronda contra David Goffin por 6-4, 3-6, 5-7.[223] Al día siguiente jugó el dobles junto a Leonardo Mayer perdiendo contra Ivan Dodig y Marin Čilić en tres horas pendiendo de un hilo la ensaladera para Argentina.Derrotó a jugadores Top 10 como Novak Djokovic, Andy Murray, Rafael Nadal, Stan Wawrinka, Marin Čilić, y Dominic Thiem.Después cayó ante el número 1 del mundo Andy Murray en la tercera ronda por 7-6(8), 7-5 y 6-0 pero no antes sin ofrecer resistencia en los dos primeros sets antes de derrumbarse físicamente.[237] Comienza su temporada de césped en Wimbledon sin jugar torneos previos, donde nuevamente sufre una salida temprana en la segunda ronda tras caer con Ernests Gulbis en sets corridos.[261] En las semifinales, derrotó fácilmente al canadiense y 32° preclasificado Milos Raonic por un claro 6-2, 6-3 en solo 65 minutos para alcanzar su cuarta final Masters 1000.[271] En semifinales jugaría con Rafael Nadal, en un partido en el que empezó muy dominador teniendo varias chances de quiebre en el primer set que no pudo convertir, fue superado en los dos siguientes sets cayendo por 6-4, 6-1 y 6-2 en 2 horas y 14 minutos, este resultado le aseguró volver a su mejor clasificación en su carrera, N.º 4 del mundo.[287] Tras este inconveniente, regresó al circuito dos meses después para el Masters de Madrid donde perdió en segunda ronda ante Laslo Djere.Todo el sufrimiento es parte de mi carrera pero quiero disfrutar este día porque tal vez no vuelva a vivir algo así", dijo Del Potro.La altura del tandilense (1,98 m) le permite obtener un gran servicio alcanzando velocidades de hasta 237 km/h (Madrid 2009 vs Murray).También es el único junto a Stanislas Wawrinka que ha ganado al menos tres partidos contra cada uno de los cuatro.Con la serie 2-1 en favor de Argentina, jugó el cuarto punto frente a Jürgen Melzer y consiguió una apretada victoria en cinco sets.[303] En semifinales Argentina se enfrentaría con el campeón defensor, Serbia, y Juan Martín logra ganar sus dos partidos: En la final frente a España,[306] Del Potro perdería sus dos puntos de la serie.[152] Finalmente su reemplazante no pudo ganar el cuarto punto y así la serie terminó a favor de los europeos.Juan Martín no jugó los Juegos Olímpicos de Atenas 2004 ya que estaba dando sus primeros pasos en el circuito ATP con solo 16 años.En el dobles mixto llegó a cuartos de final, logrando un diploma olímpico al perder ante los terceros preclasificados, Lisa Raymond y Mike Bryan en sets corridos.Del Potro finalizó el encuentro emocionado y con lágrimas tras su retorno triunfal tras un parate por lesión que estuvo cerca de terminar su carrera.
Del Potro en el Abierto de Australia 2007.
Juan Martín del Potro festejando tras el título conseguido en
Washington
en 2008.
Del Potro en el duelo de semifinales contra
Rafael Nadal
en el que salió victorioso por un estrecho 5-7, 6-4, 7-6 en más de tres horas de partido, para lograr llegar a la final en la que perdió contra
Andy Murray
en cuatro sets