Enterado de que Morales venía del interior hacia Barcelona, Simón Bolívar decidió detenerlo ordenando fortificar el poblado para la ocasión.[2] Incapaces de defender Barcelona, los patriotas huyeron a Cumaná para reunirse con Santiago Mariño, José Félix Ribas y sus tropas.El tesoro fue custodiado por Mariño para posteriormente embarcarlo en La Guaira a bordo de la flota del corsario Giovanni Bianchi quién terminó quedándoselo.Con el apoyo del Gobierno neogranadino Bolívar fue reconocido jefe por todos los venezolanos que se encontraban en Nueva Granada.En aquella época Haití se había convertido en una república independiente de Francia, que daba asilo y respaldaba a los republicanos del continente americano.[6] Decide marchar hacia el oriente del país donde unirá fuerzas con los patriotas orientales.[18] A las 5:00 horas del 17 de agosto Morales cruzó el río con su infantería, bien pertrechada y dirigida por oficiales disciplinados.No pudo llegar por el camino principal pero su caballería flanqueaba las defensas por un paso que Bermúdez había dejado desguarnecido.[28] Bianchi fue contratado por Simón Bolívar para evacuar hacia las Antillas a los patriotas que huían de Boves.A sus soldados se les dijo que Bolívar tenía planeado destruir su ciudad y acabar con la Iglesia católica.[31] Sin embargo, los patriotas saquearon el rico barrio de Santa Bárbara y destruyeron su Observatorio Astronómico.Muchos hombres fueron masacrados y las mujeres de origen español que ahí habitaban fueron violadas.[33][34] Sin embargo, el gobierno establecido en Bogotá no logró unificar los esfuerzos de los patriotas[35] debido a que Cartagena de Indias se hallaba en poder del coronel patriota Manuel del Castillo y Rada, quien desde 1813 se había enemistado con Bolívar al desobedecerlo y un año después se había declarado públicamente contra él.[36][37] Si los samarios atacaban, Bolívar esperaría para enviar la división de Rafael Urdaneta contra ellos para luego unirse a la batalla.Finalmente, el capitán general decidió primero atacar Cartagena y empezó a preparar la campaña contra esa ciudad, luego avanzaría hacia Santa Marta y finalmente regresaría a Venezuela con todas las fuerzas disponibles.
