Al llegar a Cartagena de Indias, Nueva Granada, fue muy bien recibido y se le nombró comandante del fuerte de Bocachica, el cual comandó hasta que la ciudad tuvo que ser evacuada por la llegada de Pablo Morillo a esa ciudad.
Al rendirse la plaza el 6 de diciembre de 1815 Aury y Docoudray organizaron la evacuación con los demás patriotas a Haití incluyendo a Montilla, Bermúdez, Palacios, León Torres, Mariño.
Ante dos peticiones de retiro de Ducoudray a Bolívar, finalmente este último le dio la autorización:[2] Esta es la tercera vez que U. me dirige solicitudes pretendiendo su separación del exército.
La persuasión en que estaba de que los servicios de U. fuesen importantes para la República me ha obligado a negársela por dos ocasiones; pero las razones que U. me expone en su última representación, me han movido a concedérsela a pesar de mis deseos.
En 1820 se mudó a Curazao, pues sentía que allí tendría mejores ingresos económicos para su familia.