Posterior a su administración ejerció como senador por la provincia de Coelemu, desde 1852 hasta su fallecimiento.Allí estuvieron durante varios meses, pero cuando la guerra llegó al sur y la guardia realista se retiró, los muchachos trataron de llegar al continente en precarias balsas.[2] En noviembre del mismo año, pasó el Ejército de Línea.En 1820 comenzó la Guerra a muerte en la zona comprendida entre los ríos Maule y Biobío.Las tropas españolas se aliaron con loncos mapuches y con bandoleros para seguir defendiendo la causa real.Al año siguiente, el 3 de agosto fue ascendido a capitán.En 1826 participó de una división comandada por el general José Manuel Borgoño para detener a los bandidos Pincheira.La mayoría de los pincheiristas murieron en el ataque, entre ellos los caciques Neculmán, Coleto y Trenquemán.José Antonio finalmente se entregó y recibió un indulto del presidente Prieto.Zúñiga logró que José Antonio Pincheira se dirigiera con sus fuerzas a Chillán para entregarse.[7] Además, a través de las tertulias literarias organizadas por su esposa, tuvo contacto con destacados intelectuales como Ignacio Domeyko, Andrés Bello, Amado Pissis y otros, de quienes recibía consejos y asesorías.[7] Se encargó al poeta Eusebio Lillo Robles, un segundo texto del Himno Nacional.El 23 de octubre de 1841 se decreta una amnistía general, en donde se indulta a Freire y reincorporó a oficiales que estaban en el bando liberal en 1830.Incluso hospedó a su exenemigo Santa Cruz entre 1844 y 1846 en la hacienda del coronel Benjamin Viel en Chillán.Bulnes llamó a Manuel Rengifo para colaborar en el Ministerio de Hacienda, terminando las tareas iniciadas con Prieto.En el primer periodo integró la Comisión Permanente de Guerra y Marina.Para el segundo continuó integrando la Comisión Permanente de Guerra y Marina.[1] En 1866, pese a estar afectada su salud, fue candidato presidencial, pero el entonces gobernante José Joaquín Pérez fue reelecto.
