Con la victoria en la batalla de Lircay, Prieto asumió la presidencia del país en 1831, iniciando el período denominado República Conservadora.

En medio de la Emancipación chilena, Prieto se inscribió en el bando patriota, sirviendo en diversas escaramuzas.

Esto fue un flagrante violación a la Constitución misma, pues esta indicaba que no podía ser modificada hasta el año de 1836.

El poder legislativo era confiado a un Congreso Nacional, bicameral, compuesto por una Cámara de Diputados y una Cámara de Senadores; y durante su receso funcionaba un órgano denominado Comisión Conservadora.

Por otra parte, la obra legislativa del periodo fue culminada por Joaquín Tocornal y Mariano Egaña.

[9]​ Doblegó el poder del ejército mediante la creación de la Guardia Cívica.

Pero tampoco lo descuido, recalcando la reestructuración que dio a la Escuela Militar.

Tras someter el resto del Perú bajo su autoridad, Santa Cruz crea la Confederación Perú-Boliviana.

Ante los hechos, Prieto y su gobierno consideraron a la Confederación como una competencia tanto en lo político como en lo económico.

También eran contrarios a este proyecto un grupo de peruanos exiliados en Chile y Ecuador.

En la guerra contra la Confederación participó el Ejército Unido Restaurador conformado en su mayoría por fuerzas chilenas.

Esta guerra no tuvo un buen comienzo, resaltando la derrota que protagonizó el almirante Manuel Blanco Encalada y la firma del Tratado de Paucarpata.

En esta última (liderada por Manuel Bulnes y Agustín Gamarra), y después de varias batallas, el Ejército Unido Restaurador derrota a los ejércitos confederados en la Batalla de Yungay.

Posterior a la presidencia ejerció como senador e Intendente de Valparaíso.