Al caer el Director Supremo O'Higgins (1823), Antonio Arcos, partidario suyo, debió exiliarse de Chile.

Es entonces cuando decide volver a Chile, pasando antes por Estados Unidos donde traba amistad con el argentino Domingo Faustino Sarmiento.

[1]​ El gobierno lo destierra a Perú y, al volver, a Argentina, donde interviene en las luchas internas, tomando partido por Valentín Alsina y publicando numerosas notas en la prensa de Buenos Aires.

Plantea que enviar al ejército a matar a los indígenas es mucho más barato y eficiente que mantener una guarnición constante en los fuertes en prevención de ataques.

Enfermo de cáncer, Santiago Arcos se suicida arrojándose al río Sena.