Cuando llegaron los conquistadores españoles, la isla Quiriquina estaba habitada por comunidades mapuche y consta que opusieron resistencia al invasor.

La isla fue descubierta por García Hurtado de Mendoza, en abril de 1557, usándola como base militar, y el mismo permaneció allí por cuarenta días trabajando en la planificación para reconstruir Concepción, para entonces asentado en Penco.

El recinto penitenciario estaba a cargo del capitán realista Manuel Vial Cardigonde, quien murió en combate hacia 1818.

[1]​ A mediados del siglo XIX la Quiriquina fue habitada por cazadores de ballenas.

La Cruz Roja Internacional calculó que unos 552 presos permanecían allí en octubre de 1973, 33 de los cuales eran mujeres y 19 extranjeros: 8 brasileños, 4 uruguayos, 3 bolivianos, 2 venezolanos, 1 panameño y 1 polaco.