Participó a las órdenes de Ramón Freire y Juan Gregorio Las Heras en las tropas comandadas por el general José Miguel Carrera en la campaña del sur, que en 1813 ocupó Linares, Parral, Cauquenes, San Carlos, Quirihue y Chillán.Al año siguiente, con las fuerzas combinadas de Bernardo O'Higgins y el general Manuel Blanco Encalada el destacamento al que pertenecía José Santiago, forzó el paso del río Lontué y ocuparon la hacienda de Quechereguas.Tras resistir dos asaltos del general español Gabino Gaínza, cundió el desaliento entre las tropas realistas y se retiraron hasta Talca.Hacia 1820 fue nombrado comandante del batallón N.º 2 de línea y enviado al Perú junto a la Expedición Libertadora.El 7 de abril fue hecho prisionero en Macacona, donde permaneció por seis meses hasta que fue canjeado por el general español Pedro José de Zavala y Bravo del Ribero, Marqués del Valleumbroso.Allí el capitán de puerto Juan Williams les informó del escaso apoyo que tenían los rebeldes y que sus jefes estaban desmoralizados por no se les habían unido otras provincias ni recibidos refuerzos desde el Perú.Poco después se promulgó una ley de amnistía que suavizó las penas de los soldados involucrados y permitió que los involucrados en la organización del movimiento pudieran volver del Perú sin temor a castigos; por su parte, José Santiago Aldunate fue ascendido a general de brigada en reconocimiento por desempeño en estos sucesos.
Medallón en homenaje a José Santiago Aldunate en Ancud, Chiloé.
