Honduras sorteó los partidos contra los guatemaltecos con un empate (1:1) y una victoria por defecto el 2 de octubre, luego que Guatemala no se presentase al encuentro debido a una situación política.
Costa Rica venció a la selección hondureña por 1:0 y la eliminó de la copa del mundo.
Con estos resultados México avanzó a la ronda final, mientras que Honduras y los Estados Unidos se quedaron en el camino.
[6] Durante las eliminatorias de México 1970, Honduras y El Salvador protagonizaron la llamada Guerra del Fútbol.
Con estos resultados Honduras y El Salvador tendrían que definir su pase a la ronda final.
Posteriormente, los salvadoreños superaron a los haitianos en la fase final y lograron el boleto al mundial de México 1970.
Con diez hombres, y sobre el final, Rigoberto "shula" Gómez anotó los dos goles con los cuales Honduras eliminó a los costarricenses.
Entre los jugadores más destacados se encontraban Jorge Bran, Reynaldo Mejía, Rubén Guifarro, Rigoberto Sosa, Óscar Rolando Hernández, etc.
Posteriormente los 'Canaleros' cayeron de visita por 0-1 y con estos resultados Honduras avanzó a la siguiente ronda.
[13] En la triangular final para definir el único clasificado al mundial por la CONCACAF después de México, Honduras enfrentó a Costa Rica y Canadá.
El 25 del mismo mes, Honduras recibió a los canadienses y estos lograron arrancarle el triunfo (0-1) en Tegucigalpa.
El 22 del mismo mes Honduras se repuso venciendo a San Vicente 4-0 en el Arnos Vale Sporting Complex de Kingstown.
En el cuadrangular final, Honduras enfrentaría a El Salvador, Canadá y México por el único boleto al mundial 1994.
[14] Para el proceso clasificatorio rumbo a Francia 1998, la federación hondureña contrato al técnico brasileño, Ernesto Rosa Guedes.
El 21 del mismo mes, los hondureños lograron vencer por primera vez en eliminatorias mundialistas a México (2-1), con goles de Carlos Pavón y Eduardo Bennett.
Pero los mexicanos fueron vencidos por la selección de Jamaica y con estos resultados Honduras se quedó en el camino.
El mismo Martínez, a pase de Limbert Pérez, puso cifras definitivas al minuto '90 tras un contragolpe iniciado por el capitán Amado Guevara.
[20] Con este resultado, Colombia enfrentó a México en la final del torneo y Honduras se cruzó nuevamente con los uruguayos el 29 de julio en Bogotá.
El propio Izaguirre convirtió el gol decisivo, luego que el arquero Henry Enamorado atajó el segundo disparo de Uruguay ejecutado por Carlos Gutiérrez.
Así Honduras se quedó con el tercer puesto del certamen, y Colombia con el título luego de haber vencido a México por 1:0.
Luego de esos dos resultados, Bora renunció a la dirección técnica del combinado hondureño, y su lugar fue ocupado por Raúl Martínez Sambulá.
Sin embargo ese espectacular inició duró poco, ya que Honduras empató 1-1 el 4 de septiembre (2004) Canadá.
[24] Sin embargo, el 6 de junio, Honduras sumó su segunda derrota al caer por 1-2 ante los Estados Unidos en Chicago.
[26] Gracias a esta victoria, combinada con un empate de Estados Unidos ante Costa Rica (2-2),[27] Honduras se logró clasificar para su segundo mundial.
En la fase preliminar de ésta eliminatoria, Honduras ocupó el grupo C junto a Panamá, Cuba y Canadá.
Honduras, sorpresivamente humilló a los canadienses por 8-1, con goles de Carlo Costly (3), Jerry Bengston (3) y Mario Martínez (2).
El 18 de ese mismo mes, el equipo hondureño viajó a Sandy, UTAH donde fue derrotada por los Estados Unidos 0-1.
[38][39][40] Sin embargo, Honduras tuvo desliz en sus aspiraciones, al empatar a 2 goles por bando ante la selección de Panamá en el estadio Tiburcio Carias Andino.
[50] Horas después del partido ante Suiza, el técnico colombiano Luis Fernando Suárez dimitió de su cargo.
Otra rivalidad histórica e importante en el conjunto hondureño es hacia El Salvador, con quien disputó su primera oportunidad para clasificar en una Copa del Mundo.