[9] Ha conquistado un total de 12 títulos nacionales (entre Liga, Copa y Supercopa), lo cual lo posiciona como el cuarto club más ganador del país.
Es considerado, junto con Olimpia, Motagua y Real España, uno de los «cuatro grandes del fútbol hondureño».
En esa reunión se eligió una directiva provisional, haciendo funciones de presidente don Eloy Montes.
Con figuras como Roberto "Robot" Bailey, Arturo "Pacharaca" Bonilla, Francisco Javier Toledo, Celso Güity, Efraín "Pucho" Osorio, Ramón "Albañil" Osorio, René "Maravilla" Suazo, Jorge Alberto "Cuca" Bueso, Félix Carranza, Jorge Phoyoú (uruguayo), Alberto Merelles (argentino), Juan Carlos Weber (argentino) Arturo Payne y otros, el club se mantuvo en el primer lugar de las vueltas regulares, teniendo asegurada su clasificación a la final.
En el primer juego llevado a cabo en San Pedro Sula, Marathón ganaría 1-0 con anotación de Roberto Bailey.
En ese entonces, Gonzalo Zelaya (quien dos años antes fue campeón con el Club Deportivo y Social Vida, de La Ceiba), era el entrenador del equipo sampedrano.
En el partido decisivo en San Pedro Sula, en el Estadio Francisco Morazán, Marathón se enfrentó al Vida.
Con un gol del volante Roy Padilla Bardales, el cuadro esmeralda ganó 1-0 y se coronó por segunda vez en su historia.
En aquel plantel militaron futbolistas como Leonel Machado, Jorge Alberto "Cuca" Bueso, Roy Padilla Bardales, Erasmo "Chícharo" Guerrero, Pastor Martínez, Herminio Villalobos, Richardson Smith, Óscar "Moro" Bardales, José Luis "Joche" Alvarado, Francisco Adelmo Herrera, Ciro Paulino "Palic" Castillo, Amílcar Lanza, Oswaldo Zaldívar, Aparicio Colón, Marco "Tono" García, entre otros.
En su segundo torneo (Apertura 2001) con Marathón, Chelato Uclés llevó al equipo verdolaga hasta la final, que perdió contra Motagua por penales (5-3).
Terminando en tercer lugar en las vueltas regulares con 29 puntos, Marathón enfrentó en las semifinales al Platense de Puerto Cortés.
En el partido de ida, Marathón empató 0-0 en Puerto Cortés y se clasificó a la final.
En el partido de ida jugado en San Pedro Sula en el Estadio Olímpico Metropolitano, los verdolagas derrotaron 4-1 a los blancos con anotaciones del defensa Nigel Zúñiga de penal, Enrique Centeno Reneau y Óscar Vargas, a 5 minutos del final.
La paliza hizo que prácticamente muchos consideraran al Marathón como nuevo campeón del fútbol hondureño.
Ortega sustituyó al argentino Miguel Ángel Lemme, que fue separado a mediados del torneo.
Flavio Ortega levantó al equipo verdolaga para ponerlo finalmente en la segunda posición de la vueltas regulares (solo superado por el Olimpia).
Sin embargo, el delantero Pompilio Cacho marcó el empate de Marathón al final del primer tiempo.
Dicho juego se llevó a cabo en el Olímpico Metropolitano de San Pedro Sula.
Dicho juego se llevó a cabo en el Olímpico Metropolitano de San Pedro Sula.
El Real España abrió el marcador al minuto 35 del primer tiempo, empatando el marcador global 1-1; sin embargo, al minuto 91 del segundo tiempo, Marío Berríos anotó de tiro libre un espectacular gol, que significó el empate 1-1, dejando tendidos a los "Aurinegros".
Con estas dos derrotas, quedó fuera de la Gran Final, en la que había estado presente en los últimos 4 campeonatos.
Marathón se clasificó a la gran final derrotando al Real España en su propio estadio (2-1), y luego perdiendo en el olímpico con polémico arbitraje (1-2), con marcador global de 3-3, accediendo a la gran final por haber quedado mejor posicionado durante la fase clasificatoria o vueltas regulares.
Pero la historia cambiaría en el estadio Olímpico de San Pedro Sula, donde el Marathon se convierte en un equipo demoledor.
Su técnico uruguayo Manuel Keosseian, con un gran planteamiento, superó el resultado adverso del primer partido, para conquistar la octava copa en torneos de Liga Nacional.
[cita requerida] El Club Deportivo Marathón tiene una de las más grandes barras bravas del país, La Furia Verde.
Los triunfos más relevantes de los verdolagas en esa época: en 1966 golearon al Saprissa 4-0 en el Morazán; vencieron al Pachuca de México 2-1 también en el Morazán en 1967; derrotaron al Sporting Cristal 2-1 nuevamente en el Morazán en 1971 y vencieron fácilmente a equipos centroamericanos de Guatemala, Costa Rica y El Salvador, todos en juegos amistosos, lamentablemente, en juegos oficiales, Marathon nunca pudo cristalizar con más peso ese marcado dominio que tuvo sobre clubes extranjeros, ya que en sus registros jugando en torneos fuera de Honduras no aparece ningún título internacional.
La mayor goleada fue recibida del Club Deportivo Toluca (México) en 2009 cuando perdieron 7-0 en Concachampions en el Estadio Nemesio Diez.
Marathón sostuvo un juego contra el Santos de Brasil en 1969 el cual quedó empatado 1-1, cabe destacar que Pelé conformaba la alineación del segundo tiempo.
Además del verde, los colores rojo y blanco también han sido representativos en el club a lo largo de los años.