Juan Carlos comenzó su carrera en 1980 con el Real España, donde alcanzó a ser campeón de la Liga Nacional al año siguiente.
Posteriormente, en 1984, arribó al Olimpia y terminó convirtiéndose en una de sus leyendas históricas.
En 1989 fichó con la Liga Deportiva Alajuelense, pero su paso por el fútbol tico fue breve y, cuatro meses después, retornó a Olimpia para retirarse finalmente en 1996.
Realizó su debut internacional en 1985 y disputó su último partido en diciembre de 1994 contra Estados Unidos en un amistoso.
Bajo su dirección técnica, el cuadro albo se ha hecho acreedor de tres títulos de Liga Nacional (Apertura 2002, Clausura 2009 y Clausura 2013).