[1] Alenis Vargas inició su carrera en las divisiones menores de equipos como Real España y Olimpia,[2] en Honduras, y Cartaginés,[3] en Costa Rica.
El 3 de abril de 2023, se unió al Sporting Kansas City II, equipo perteneciente a la MLS Next Pro.
[4] Su debut oficial en esta categoría se produjo el 23 de abril del mismo año, en un enfrentamiento contra el FC Cincinnati II que terminó con derrota 2-3.
A lo largo de su paso por la filial del Sporting Kansas City, disputó 21 partidos, anotando en seis ocasiones y contribuyendo con siete asistencias.
[1] El 15 de diciembre de 2023, se anunció que daría el salto a la Major League Soccer, tras haber sido adquirido por el Sporting Kansas City para los siguientes tres años, hasta 2026.