En esta última edición dirigió el partido decisivo, disputado entre el TP Mazembe y el Inter de Milán.
El verano siguiente ascendió de nivel para estar la Copa Asiática 2007, donde dirigió tres partidos contando con árbitro asistente a su compatriota Toru Saga.
Aquel mismo verano participó en el Mundial sub-17, junto a Saga y el surcoreano Jeong Hae-Sang.
Dirigieron un total de cinco encuentros, incluida la final que Nigeria ganó a España por penaltis.
Nishimura mostró la primera tarjeta roja del torneo cuando expulsó al centrocampista uruguayo Nicolás Lodeiro, quien había visto previamente dos tarjetas amarillas (la segunda tras una entrada sobre Bacary Sagna), también mostró tarjeta roja directa a Felipe Melo tras pisotear a Arjen Robben en el partido de cuartos de final entre Países Bajos y Brasil, quedando ésta eliminada de la fase final.