Marlon Licona inició su carrera en Motagua, en 2010 fue ascendido al primer equipo bajo el mando de Ramón Maradiaga.
[1] Durante la liguilla del Torneo Apertura 2014, Licona se dio a la tarea de sustituir a Sebastián Portigliatti por lesión, alcanzando un rendimiento sobresaliente, a tal punto de convertirse en figura del club durante la obtención del título en la final ante Real Sociedad.
[2] Al final del torneo, luego de haber sido regular en el once «ribereño» y de haber cumplido el objetivo esencial, Licona acumuló 14 juegos disputados y 19 goles encajados.
En julio de 2018, Licona regresó a la institución «motagüense», como segundo portero del club.
[3] Marlon Licona fue miembro de la selección nacional sub-17 y sub-20.