[1]​ Carlos Mejía tuvo sus inicios en el C. D. El Sauce, una escuela de fútbol en su natal La Ceiba.

[2]​ En abril de 2015, viajó a Inglaterra para probar suerte con las divisiones menores del Manchester City F. C. de la Premier League, pero no logró quedarse y regresó a su país.

[2]​ Tras su infructuosa incorporación al fútbol inglés, se integró ese mismo año a la disciplina del C. D. S. Vida de la Liga Nacional de Honduras.

Inicialmente, tendrá participación con Pumas Tabasco, club que disputará la Liga de Expansión MX.

[10]​ Al año siguiente, fue convocado para disputar los XXIII Juegos Centroamericanos y del Caribe, en los cuales la selección sub-21 se adjudicó la medalla de bronce.