Cuando la acción militar resultó no ser necesaria debido al Acuerdos de Múnich, los Einsatzgruppen fueron asignados para confiscar documentos gubernamentales y policiales.La Aktion T4 tuvo lugar principalmente entre 1939 y 1941, pero los asesinatos continuaron hasta el final de la guerra.[8][9] Heydrich colocó al SS-Obergruppenführer Werner Best al mando, quien asignó a Hans-Joachim Tesmer para elegir personal para las fuerzas de tarea y sus subgrupos, llamados Einsatzkommandos, entre personas educadas con experiencia militar y un fuerte compromiso ideológico con el nazismo.[12] La inteligencia del ejército estaba en contacto constante con Einsatzgruppen para coordinar sus actividades con otras unidades.[8][18] Los Einsatzgruppen realizaron estos asesinatos con el apoyo del Volksdeutscher Selbstschutz, un grupo paramilitar formado por alemanes étnicos que vivían en Polonia.[19] Miembros de las SS, la Wehrmacht y la Ordnungspolizei también dispararon contra civiles durante la campaña polaca.[27] La tarea final del Einsatzgruppen en Polonia fue reunir a los judíos restantes y concentrarlos en guetos dentro de las principales ciudades con buenas conexiones ferroviarias.La intención era eliminar, en última instancia, a todos los judíos de Polonia, pero en este punto su destino final aún no se había determinado.[30] Hitler también especificó que los actos criminales contra civiles perpetrados por miembros de la Wehrmacht durante la próxima campaña no serían procesados en los tribunales militares, y por lo tanto quedarían impunes.[39] Los Einsatzgruppen estaban bajo el control de la RSHA, encabezada por Heydrich y más tarde por su sucesor, SS-Obergruppenführer Ernst Kaltenbrunner.La unidad se subdividió en cinco Einsatzkommandos ubicados en Vinkovci, Sarajevo, Banja Luka, Knin y Zagreb.Se dieron instrucciones abiertas para ejecutar "otros elementos radicales (saboteadores, propagandistas, francotiradores, asesinos, agitadores, etc.)".[67] Cuando comenzó la invasión, los alemanes persiguieron al Ejército Rojo que huía, dejando un vacío de seguridad.[73] Inicialmente, los objetivos eran hombres judíos adultos, pero en agosto la red se había ampliado para incluir a mujeres, niños y ancianos, toda la población judía.Cinco miembros del grupo fueron ahorcados mientras 400 residentes locales se reunieron para observar; el resto fueron fusilados.[85] Anton Heidborn, miembro de Sonderkommando 4a, testificó más tarde que tres días después todavía había personas vivas entre los cadáveres.[81] El Einsatzgruppe A operaba en los estados Bálticos anteriormente ocupados por los soviéticos de Estonia, Letonia y Lituania.El nacionalista letón Viktors Arājs y sus partidarios emprendieron una campaña de incendios provocados contra las sinagogas.Los alemanes confiaron cada vez más en los Arājs Kommando y grupos similares para realizar masacres de judíos.Alrededor de 1 500 judíos aptos se verían libres de ejecución para poder explotar su trabajo esclavo; mil hombres fueron reubicados en un área cercada dentro del gueto y 500 mujeres fueron alojadas temporalmente en una prisión y luego se trasladaron a un gueto cercano, donde fueron puestas a trabajar para remendar uniformes.Haberer escribió que, como en los estados bálticos, los alemanes no podrían haber matado a tantos judíos tan rápido sin la ayuda local.Las comunicaciones eran imposibles entre guetos en varias ciudades, por lo que no había forma de crear una estrategia unificada.El historiador Christian Ingrao señala que se hizo un intento de convertir los tiroteos en un acto colectivo sin responsabilidad individual.El comandante del Einsatzgruppe D, SS-Gruppenführer Otto Ohlendorf, señaló especialmente esta propensión al exceso y ordenó que cualquier hombre que estuviera demasiado ansioso por participar o demasiado brutal no realizara más ejecuciones.[124] Los Einsatzgruppen permanecieron activos y se pusieron a trabajar luchando contra los partisanos, particularmente en Bielorrusia.Sus miembros planearon reclutar colaboradores de la población local para realizar los asesinatos bajo el liderazgo alemán.[130] El ex primer ministro iraquí Rashid Ali al-Gaylani y el Gran Muftí de Jerusalén Haj Amin al-Husseini desempeñaron roles, participando en propaganda de radio antisemita, preparándose para reclutar voluntarios y levantando un batallón árabe-alemán que también seguiría al Einsatzgruppe Ägypten a Oriente Medio.[137] En su mayor parte, el informe no da ninguna justificación militar para los asesinatos; las personas fueron asesinadas únicamente porque eran judíos.[142] Según lo ordenado por Hitler, la Wehrmacht cooperó con los Einsatzgruppen, proporcionando apoyo logístico para sus operaciones, y participó en los asesinatos en masa.[159] Longerich señala que la mayoría de las órdenes recibidas por los líderes de los Einsatzgruppen, especialmente cuando se les ordenaba llevar a cabo actividades criminales, eran vagas y tenían una terminología que tenía un significado específico para los miembros del régimen.
