[2]​ Eduard Wagner nació en Baviera, sirvió como cadete en el ejército imperial durante la Primera Guerra Mundial y luego fue uno de los miembros seleccionados del Reichswehr.

En la Segunda Guerra Mundial, ejerció las funciones de intendente general del ejército asegurando la logística de la Wehrmacht en los territorios ocupados.

En ese puesto tuvo que proporcionar abastecimiento extra y cooperación mutua entre la Wehrmacht y los comandos Einsatzgruppen en virtud a una directriz emanada por la Oficina Central de Seguridad del Reich a cargo de Reinhard Heydrich.

Como tal tuvo acceso a todos los movimientos de estos escuadrones de la muerte que operaban tras las filas del ejército alemán en los territorios ocupados ejecutando a civiles sumariamente.

Wagner se unió al grupo militar de conspiradores encabezados por Friedrich Olbricht dando su aprobación para el Putsch si estaba también presente Heinrich Himmler en la reunión de Hitler en la Wolfsschanze (situación que no ocurrió) y desempeñó un pequeño rol logístico al proporcionar el Heinkel 111 que transportó de regreso a Claus von Stauffenberg y a Werner von Haeften a Berlín, ambos autores materiales del atentado del 20 de julio de 1944 en contra de Hitler.