Fue nombrado por Reinhard Heydrich, uno de los jefes de las SS, como el nuevo comandante del Departamento Amt VII de la oficina del Reichssicherheitshauptamt (RSHA).En 1940, fue nombrado líder de la policía en la eventual ocupación alemana del Reino Unido, pero la idea de invadir ese país fue finalmente abandonada en 1941.Tras el final del conflicto, él y otros jefes de las SS fueron enviados a juicio en Núremberg por crímenes contra la humanidad.La acusación no vinculó directamente a Six con ninguna atrocidad, pese a lo que terminó siendo condenado por el tribunal a 20 años de cárcel, siendo puesto en libertad por clemencia menos de 10 años después.Según la información publicada tras su muerte, formaba parte de la Organización Gehlen, un grupo de antiguos oficiales nazis que trabajaban en Alemania Occidental para ayudar a la CIA estadounidense a luchar contra el comunismo.
