[4]​ En total, se estima que durante la ocupación nazi entre 100 000 y 150 000 personas fueron ejecutadas en Babi Yar.

A medida que los ejércitos alemanes iban capturando territorio, se desplegaban en él unas unidades especiales (Einsatzgruppen) formadas sobre todo por las SS cuya primordial misión era "la aniquilación de los judíos, los gitanos y los comisarios políticos".

Кто из праждан проникнет в оставленные жидами квартиры и присвоит себевещи, будет расстерлян.»

[15]​ Tras la toma de la ciudad, explosiones e incendios provocados por saboteadores destruyeron unos 940 grandes edificios residenciales y administrativos.

Ya desnudos, unos policías ucranianos los dirigían al borde del barranco, donde se les ordenaba tumbarse boca abajo.

Las nuevas víctimas tenían que tumbarse encima de los cadáveres frescos para ser asesinados a su vez.

[16]​ La masacre estuvo a cargo del Einsatzgruppen D, apoyado por los miembros de un batallón Waffen-SS.

Luego, fueron asesinadas en el mismo lugar unas 60.000 personas más, incluyendo gitanos y comisarios políticos del NKVD.

En 1943, cuando las tropas soviéticas empezaban a recuperar Ucrania, los alemanes organizaron una unidad especial denominada "Sonderkommando 1005", dirigida también por Blobel, para desenterrar los cadáveres de los judíos y quemarlos para no dejar rastros.

[20]​ La masacre de judíos en Babi Yar inspiró un poema del poeta ruso Yevgueni Yevtushenko, que fue fijado en música por Dmitri Shostakóvich en su Sinfonía N.º 13.