Durante la invasión alemana de la Unión Soviética fue responsable del Sonderkommando 4.ª, unidad de exterminio perteneciente al Einsatzgruppe C, que actuó en Ucrania.

Participó en la Primera Guerra Mundial, donde fue condecorado con la Cruz de Hierro de primera y segunda clase.

Después de la guerra, Blobel fue juzgado en el Juzgado de Einsatzgruppen y sentenciado a muerte por ahorcamiento, sentencia que se cumplió en 1951.

Esta operación se llevó a cabo mediante la exhumación de los cadáveres de las fosas comunes y su posterior combustión, una tarea que Blobel optimizó al alternar leña con capas de cadáveres o el uso de raíles como parrillas.

Acabada la guerra fue condenado a muerte por el Tribunal Militar de los EE.