Se desempeñó como Comandante de las SS y la Policía en la Unión Soviética ocupada durante la Segunda Guerra Mundial.

Sus acciones estaban dirigidas contra los opositores políticos, principalmente miembros de varias organizaciones sindicales, el SPD, el KPD, y también contra los judíos, quienes fueron perseguidos sin descanso hasta su muerte.

[1]​ En 1941, fue transferido por el Reichsführer-SS, Heinrich Himmler para servir como Comandante de las SS y la Policía (HSSPF) del sur, y luego en 1941, del norte de Rusia.

En Rumbula, Jeckeln observó durante los dos días de la masacre cómo murieron 25.000 personas.

Jeckeln en sus últimas palabras fue moderado, admitió plenamente su culpabilidad y aceptó asumir toda la responsabilidad por las actividades de la policía subordinada de las SS y SD en Ostland.

Al concluir su discurso, dijo: Jeckeln y los demás acusados fueron declarados culpables, condenados a muerte y ahorcados en Riga el 3 de febrero de 1946 frente a unos 4.000 espectadores.