[29]​ El control italiano, sin embargo, no pudo hacerse efectivo por la debilidad económica de Mussolini y los intereses alemanes en explotar Croacia para su beneficio.

[38]​[37]​ De todos los Estados bajo ocupación militar del Eje, sin embargo, fue el que contó con mayor autonomía interna.

[18]​ Los acuerdos incluían también el nombramiento del duque italiano como rey[16]​[19]​ formal, pero sin poderes, de Croacia.

[29]​ Este Estado de terror recibió el apoyo de la Iglesia católica croata, cuyo arzobispo Aloysius Stepinac fue colaborador directo del régimen en sus comienzos, distanciándose más tarde,[47]​ aunque apoyando en todo momento la independencia del Estado y su ideología católica.

[29]​ La relación, sin embargo, era de pura conveniencia: Mussolini pretendía anexionarse parte del territorio yugoslavo y controlar a los croatas, mientras que estos no tenían intención alguna de convertirse en títeres del italiano, solo utilizar su apoyo en armas, entrenamiento, dinero y diplomacia.

[29]​[22]​[27]​ Solo entonces los alemanes habían permitido la proclamación del nuevo Estado por Pavelić, traído, junto con sus partidarios, de Italia.

[64]​ Nunca contó con una Constitución, limitándose Pavelić a jurar los principios de su movimiento, declarados ley suprema del Estado.

[11]​ Sin Parlamento al comienzo, este, el Sabor, apenas se reunió unas semanas a comienzos de 1942,[65]​[60]​ con la intención de aumentar la popularidad del régimen mediante la resurrección del tradicional parlamento croata disuelto en 1918 y reclamado durante el periodo yugoslavo por los partidos croatas.

[66]​ Únicamente aprobó una ley durante su corta existencia[65]​ y no fue reunido como cámara con poder real, sino por simple propaganda.

[60]​ El territorio se dividió en veintidós condados administrados por un prefecto, que no seguían las fronteras tradicionales, en parte para evitar tendencias autonomistas entre los musulmanes de Bosnia.

[105]​[60]​[106]​ Judíos y gitanos eran discriminados por considerárseles no arios,[105]​[104]​ a diferencia de la «raza croata», definida oficialmente como tal.

[107]​ El régimen definió un ideal racial croata «nórdico-dinárico» similar al nórdico en la Alemania nazi contemporánea.

[108]​ La comunidad judía se vio sometida a las medidas más duras y uniformes, impuestas por el ocupante alemán al Gobierno de Pavelić.

[134]​ Muchos perdieron sus empleos,[70]​ sus posesiones[54]​ y sufrieron discriminación, estando sometidos a toques de queda.

[102]​[109]​ La represión fue, en todo caso, desorganizada, descontrolada e improvisada, aunque fomentada y coordinada en líneas generales por el Gobierno de Pavelić.

[95]​ Las primeras atrocidades contra la población serbia se dieron a finales de abril[133]​ y en mayo.

[122]​ La pérdida territorial y la necesidad de canalizar el nacionalismo del régimen en otra dirección que no fuese la expansión territorial o el enfrentamiento con Italia llevó, sin embargo, a la reanudación e intensificación de las matanzas.

[29]​ La comisión económica italo-croata, creada en junio de 1941, sirvió a los italianos para poco más que ver sus demandas rechazadas por los croatas, que contaban con el apoyo alemán, interesado en mantener el control económico del país en sus manos.

[29]​ La bauxita, principal materia prima en la zona italiana, había sido cedida a Alemania en las conversaciones de Viena.

[182]​ Las fuerzas armadas del país se dividían en dos categorías principales: el Ejército regular de la Guardia Nacional Croata y las milicias ustachas,[73]​ de manera similar a la división alemana entre el Ejército regular y las tropas SS del partido nazi.

[183]​ Esta región militar y sus tropas fueron abolidas en mayo de 1942, pasando a depender del Ejército regular.

[192]​ Los desmanes de esta contra la población, especialmente contra la serbia, alimentaba la insurgencia y los comandantes italianos, respaldados entonces por el dictador italiano, deseaban pacificar la zona mediante acuerdo con las bandas no comunistas, que redujesen la tensión y dividiesen a los rebeldes en dos.

[198]​ Las bandas serbias, libres temporalmente del azote ustacha,[193]​ trataron con los italianos, pero no abandonaron sus actividades terroristas contra la población croata y musulmana.

[206]​ Las mujeres y los niños se entregaron a las autoridades croatas para ser encerradas en campos de concentración, donde muchos murieron.

[29]​[210]​[211]​ Los mandos alemanes deseaban, por tanto, tenerlas bajo su control para poder hacer frente a los partisanos.

[153]​ Los ustachas, sin embargo, ignoraron las restricciones teóricas y continuaron con sus desmanes contra la población, que las escasas unidades de la policía militar alemana no lograban evitar.

[216]​ A finales de 1942 el Ejército croata estaba bajo control alemán,[213]​ su economía servía a Alemania y gran parte del territorio quedaba en manos del ejército alemán, quedando Pavelić como poco más que un títere.

[29]​ La operación no logró aniquilar a los partisanos, que consiguieron romper el cerco del río Neretva.

[191]​ A pesar de las sucesivas campañas para aplastar la resistencia, el Eje no logró su objetivo.

[232]​ Ribbentrop, en respuesta a las protestas croatas, decidió aclarar la situación al Gobierno de Zagreb en un comunicado:[232]​