En marzo de 1870, Ramón Cabrera presentó la dimisión como jefe político y militar del carlismo por creer que no se daban las "condiciones razonables de alcanzar el triunfo por las armas" y no querer exponer a España a una nueva guerra civil.
Esta guerra civil se desarrolló sobre todo en las Provincias Vascongadas, Navarra y Cataluña.
También se alzaron algunas partidas poco activas por Andalucía, así como el resto del territorio peninsular, especialmente en áreas montañosas donde practicaban el bandolerismo ante su marginalidad y escasa eficacia a la hora de establecer un vínculo con el pueblo que facilitara su actividad guerrillera.
[3] El último intento carlista que obtuvo verdadero apoyo, la guerra de los Matiners, había finalizado en 1849.
El gobierno revolucionario instauró en España un régimen democrático y posteriormente se eligió como rey al liberal Amadeo de Saboya.
Por último, una insurrección general en Cataluña, en Navarra y en las Provincias Vascongadas daría comienzo a las operaciones militares.
Según Angulo y Hormaza, el deseo de conservar los fueros habría sido incluso un impedimento para ir a la guerra, hasta el punto que, al producirse el levantamiento, en una reunión de Zumárraga los representantes forales vascongados llegaron a exclamar: «¡Salvemos la Religión aunque perezcan los Fueros!».
Tampoco se aceptó el convenio desde el bando carlista, y el pretendiente consideró a los firmantes como traidores.
Pronto se armaron nuevas partidas, entre las que destacó la del Cura Santa Cruz.
En Cataluña, el rescoldo carlista, mantenido por los antiguos combatientes y algunas familias de la payesía, volvió a encender la guerra civil desde 1872.
En conjunto formaron un ejército no demasiado numeroso pero relativamente disciplinado, que logró imponerse varias veces en el campo de batalla.
Además los generales Dorregaray y Elío reclutaron multitud de soldados en su marcha por Navarra.
Esta victoria junto a otras como la de Belabieta o Mañeru dieron alas al carlismo en las Provincias Vascongadas.
Esta campaña finalizó con la batalla de Montejurra, en la que los carlistas volvieron a vencer al ejército gubernamental.
[7] En Valencia el brigadier Cucala venció en la acción de Játiva; mientras que Santés logró entrar en Albacete y conquistó Cuenca.
A pesar de ello, don Carlos se creía superior, por lo que ordenó en febrero tomar Bilbao.
Pero pudo romper las líneas carlistas el republicano Concha, derrotando a Elío en Las Muñecas, liberando Bilbao.
[8]El gobierno trató de acabar entonces con la guerra conquistando Estella, pero fue incapaz, siendo derrotados los liberales en Abárzuza, en la que murió el republicano Concha.
Sin embargo, ninguna de estas ciudades cayó, pero no fue este el verdadero problema carlista a finales del año.
Esto hizo que muchos carlistas moderados se pasasen al bando alfonsino, debilitando enormemente a los facciosos.
La movilización carlista se redujo en otras zonas a pequeñas partidas aisladas; destacaban unos 400 hombres en Extremadura y las partidas de Castilla la Nueva, sobre todo en la provincia de Ciudad Real, donde al menos diez partidas, más o menos controladas por el general Regino Mergeliza y Vera[9] tuvieron en jaque a las tropas oficialistas, destacando especialmente las de Crisanto Gómez, Antonio Merendón Mondéjar y Amador Villar.
[10] En marzo de ese año, las fuerzas carlistas, dirigidas por Francisco Savalls, pusieron sitio a Olot y, tras conquistarla, la convirtieron en su capital.
La reacción del pretendiente carlista Carlos VII fue despojar a Cabrera de todos los honores y empleos que le había concedido.
[14] Según Carlos Seco Serrano, la «conversión» del viejo «caudillo» carlista se debió especialmente a la grata impresión que le causó el príncipe Alfonso cuando lo visitó en la Academia de Sandhurst.
Los carlistas que no habían rendido las armas sumaban una cantidad cuatro veces inferior.
Más tarde se constituyó el Ministerio de Gracia y Justicia, que desempeñó el jurisconsulto Díaz del Río.
Como en la primera guerra, se constituyeron las Diputaciones o Juntas de las Vascongadas, Navarra y Castilla.
[20] Los soldados carlistas que depusieron las armas pudieron incorporarse al ejército gubernamental con el mantenimiento de todos los grados y condecoraciones, pero pocos lo hicieron.
El fin del gobierno foral en el País Vasco hizo que el gobierno de Antonio Cánovas pactase el llamado primer acuerdo económico vasco, en el que se seguía dando cierta libertad económica a esta región, permitiendo a las autoridades locales recaudar ellos mismos los impuestos.
Por otra parte, la derrota y posterior supresión de los fueros aumentó el sentimiento fuerista vasco, dando lugar años después a la creación del Partido Nacionalista Vasco en 1895 por Sabino Arana, que defendería las ideas católicas del carlismo y, de manera independiente de este movimiento, que propugnaba el regionalismo, pasaría a defender el nacionalismo.