Durante el asedio los carlistas bombardearon sin piedad la ciudad, no respetando lugares como iglesias u hospitales, siendo criticados por la prensa liberal europea.
Durante todo aquel año los facciosos se extendieron por las zonas de tradicional predominio carlista: el Norte, Cataluña y el Maestrazgo.
Viendo que la guerra le era favorable, don Carlos mandó incomunicar Bilbao, para después sitiarlo y tomarlo.
El 30 de diciembre el general carlista Antonio Dorregaray asedió Portugalete mientras Valdespina tomaba las cumbres circundantes a la ciudad.
El mes siguiente los carlistas cerraron totalmente la ría, iniciando formalmente el sitio con los bombardeos del día 21 de febrero.
La situación empeoró con la toma de Tolosa por el pretendiente, que dejó a San Sebastián, Fuenterrabía e Irún como últimas posesiónes republicanas en Guipúzcoa.