En los siglos siguientes, el puerto se consolidó como el más importante centro comercial del Señorío de Vizcaya, dirigiendo sus actividades primero con el resto del continente europeo, y más tarde con las colonias americanas.
En el siglo XIX Bilbao se vio completamente saturada de pobladores y sin superficie hacia donde expandirse.
Hasta mediados del siglo XX, los desechos, tanto industriales como urbanos, eran arrojados indiscriminadamente a las aguas contaminándolas.
La ría se ha convertido en el eje del desarrollo urbanístico y turístico de la ciudad.
Ambas orillas han experimentado un desarrollo urbano impresionante, con interesantes lugares destinados al disfrute de locales y visitantes.
En la orilla izquierda, dentro del término de Bilbao se encuentran Abando, Indauchu y Zorroza.
Más adelante, el complejo centro comercial Zubiarte ofrece compras, gastronomía y salas de cine.
El agua alcanzó los tres metros en algunos puntos de Basauri y hasta cinco en Bilbao.