Abandonó el hábito para sumarse al levantamiento carlista de 1833, en favor del pretendiente Carlos María Isidro.

Huyendo de un anunciado destierro en Barcelona, se incorporó a las tropas carlistas que habían tomado Morella.

Fue ascendido a coronel en 1834 por el pretendiente, bajo las órdenes del general Manuel Carnicer, primer jefe de las tropas carlistas en Aragón y Valencia, hasta que este último fue detenido y fusilado en abril de 1835.

Nombrado comandante general interino del Bajo Aragón, destacó en sus esfuerzos por organizar las fuerzas y la estrategia de la facción.

La estrategia del ejército liberal fue desde sus inicios extremadamente cruel y feroz, buscando el exterminio de las guerrillas carlistas.

Cuentan las crónicas de aquel momento que tras tomar sus tropas la población cercana a Valencia el general preparó un festín para celebrar la victoria.

Una de las jóvenes fusiladas se llamaba Cintia Fos, tenía 18 años, y el general sentía algo especial por ella, puesto que le habría propuesto matrimonio.

En enero de 1838 tomó Morella, la convirtió en la capital del territorio bajo su control y en el verano siguiente la defendió con éxito frente al general Oráa.

Poco después Cabrera se instaló en Lyon, donde residió durante varios años, recibiendo una pensión del gobierno francés.

Ya ese año, partidas inconexas se habían levantado en apoyo de la causa carlista.

En Inglaterra, su matrimonio le permitió llevar una vida de prosperidad, aunque continuó siempre en contacto con la causa carlista.

Su experiencia inglesa, su percepción de la realidad europea y la influencia de autores como Balmes, le hicieron ver con claridad la situación del carlismo en el nuevo contexto político español, lo que le llevó a alejarse paulatinamente de la estrategia insurreccional que todavía era el epicentro de la Comisión Regia Suprema del carlismo, y a enfrentarse poco a poco con la camarilla del nuevo pretendiente carlista, el autoproclamado Carlos VII.

Cabrera los rechazó y le devolvió el Toisón de Oro que había pertenecido a Carlos V.