El municipio de San Juan Atitán, está integrado por siete aldeas y once caseríos.
Ahora bien, que exista legislación específica para los municipios no significa que a estos no les sean aplicables las normas contenidas en otros cuerpos normativos, pues aunque se trata de entidades autónomas, las mismas se encuentran sujetas, al igual que todas las entidades de tal naturaleza, a la legislación nacional.
[10] El concejo municipal se integra de conformidad con lo que establece la Constitución en su artículo 254, es decir «se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos».
[10] Los alcaldes que ha habido en el municipio son: El poblado donde se asienta San Juan Atitán ya existía mucho antes de la época colonial.
[16] Carrera impuso un régimen duro y hostil para los liberales altenses, pero bondadoso para los indígenas de la región —derogando el impuesto personal que les habían impuesto las autoridades altenses— y para los eclesiásticos restituyendo los privilegios de la religión católica.
Fueron hundimientos que afectaron gravemente al municipio agrietando varias casas y edificios como la escuela.
Los lugares más frecuentados por habitantes de la localidad y por visitantes extranjeros para realizar eventos religiosos o culturales son: Twi' Wuq: colinda con San Rafael Pétzal, y era conocido anteriormente como la Aldea Santa Isabel.
En el lugar se puede encontrar restos de un pueblo que estuvo asentado allí en la época precolombina.