[3] San Sebastián Huehuetenango es un pueblo originario de la época precolombina y su verdadero nombre proviene del término Toxoh o Toj toj, que del idioma mam significa «Entre aguacates».
El lugar en donde estaba establecida la cabecera municipal, es en donde se encuentra actualmente la aldea de Pueblo Viejo, en donde se encontraron ruinas que evidencian una numerosa población.
Según esa información, se confirma que la cabecera municipal no ha estado siempre en su ubicación actual, ya que anteriormente se encontraba en lo que hoy es la aldea Pueblo Viejo; y derivado de la inundación que sufrió por la crecida del río Seleguá, fue trasladada al valle de Esquizal o Tascaj.
En 1934 estaba restablecido como municipio, pues en ese año se aprobó su Plan de Arbitrios.
En el norte del municipio se encuentra el municipio de Todos Santos Cuchumatán, al este se encuentra el municipio de Chiantla y la cabecera departamental Huehuetenango, al oeste se encuentran los municipios de San Juan Atitán y San Rafael Pétzal y al sur se encuentra el municipio de Santa Bárbara.