Los soldados del emperador lo llevaron al estadio, lo desnudaron, lo ataron a un poste y lanzaron sobre él una lluvia de flechas, dándolo por muerto.

[3]​ Sin embargo, sus amigos se acercaron y, al verlo todavía con vida, lo llevaron a casa de una noble cristiana romana, Santa Irene —viuda del funcionario mártir San Cástulo—, que lo mantuvo escondido y le curó las heridas, hasta que quedó restablecido.

Se presentó ante un emperador desconcertado, ya que lo daba por muerto, y le reprochó enérgicamente su conducta por perseguir a los cristianos.

Maximiano mandó que lo azotaran hasta morir,[4]​[5]​ y los soldados cumplieron esta vez la misión sin errores, tirando su cuerpo en un lodazal.

Los cristianos lo recogieron y lo enterraron en la Vía Apia, en la célebre catacumba que lleva el nombre de San Sebastián.

En las representaciones del primer milenio viste la clámide militar como correspondía a su cargo, y siempre imberbe.

Desde el siglo XV los artistas han preferido presentarlo desnudo, joven e imberbe, con las manos atadas al tronco de un árbol que tiene detrás y ofreciendo su torso a las saetas del verdugo.

[6]​ En 1976, el cineasta británico Derek Jarman recreó la vida y martirio del santo en la película Sebastiane.

[7]​[8]​ Al menos desde el siglo XIX, la figura de San Sebastián ha sido venerada por personas pertenecientes a minorías sexuales.

[cita requerida] Escritores homosexuales como Oscar Wilde, Marcel Proust o Yukio Mishima escribieron sobre su vida y martirio, identificándose con su estatus paria.