[7]​ Orignalmente, los mames lo llamaban «Jigüehal», pero tras la conquista española el poblado se llamó «Santa Ana Malacatán» en honor a Santa Ana; ahora bien, debido que el municipio era confundido con los municipios de Santa Ana Huista, del departamento de Huehuetenango y Malacatán del departamento de San Marcos el nombre fue diminutizado por los españoles agregándole el término «cito» al final.

[8]​ «Malacatán», a su vez, proviene de los vocablos náhuatl «malacate» (español: «Hueso para hilar») y «tlan» (español: «lugar»), que quieren decir «Lugar junto a los huesos de hilar».

La existencia del municipio comienza en la época prehispánica, específicamente entre los años 1200 y 1524 d. C.; sus primeros pobladores fueron gente de raza mam.

Su feria patronal se celebra en honor a la virgen del rosario, en 10 de noviembre.

Pero este plan nunca se llevó a cabo, principalmente porque la corona perdió el control de las órdenes regulares tan pronto como los miembros de éstas se embarcaron para América.

[19]​ En 1754, debido a las reformas borbónicas impulsadas por la corona española, los mercedarios y el resto del clero regular tuvieron que transferir sus doctrinas y curatos al clero secular, por lo que la orden perdió su doctrina en Malacatán.

[20]​ Entre 1768 y 1770 el arzobispo Pedro Cortés y Larraz recorrió su diócesis en una visita pastoral que constituyóun auténtico censo, e indicó que Santa Anna Malacatán pertenecía a «la Octava Provincia, de Totonicapam, a cargo de un Alcalde Mayor, y que tenía once curatos: San Miguel Totonicapam, San Cristóbal Totonicapam, Jacaltenango, Güegüetenango, Santiago Momostenango, Chiantla, Cuilco, Tzulumá, Utzpantán y Nevah».