[2] Tras la Independencia de Centroamérica en 1821 era una poblado adscrito a San Miguel Acatán y junto con él pasó al Estado de Los Altos en 1838, hasta que dicho Estado fue recuperado por la fuerza para Guatemala por el general conservador Rafael Carrera.
En 1924, el gobierno liberal de facto del general José María Orellana formó al municipio con 64 km² que se separaron de San Miguel Acatán.
Existen varios centros poblados que dividen el municipio de San Rafael La Independencia: más de doce aldeas, catorce caseríos y dos fincas.
Aunque se trata de entidades autónomas, se encuentran sujetos a la legislación nacional y las principales leyes que los rigen desde 1985 son: El gobierno de los municipios está a cargo de un Concejo Municipal[5] mientras que el código municipal —ley ordinaria que contiene disposiciones que se aplican a todos los municipios— establece que «el concejo municipal es el órgano colegiado superior de deliberación y de decisión de los asuntos municipales […] y tiene su sede en la circunscripción de la cabecera municipal»; el artículo 33 del mencionado código establece que «[le] corresponde con exclusividad al concejo municipal el ejercicio del gobierno del municipio».
[6] El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.