También es el jugador con más presencias internacionales en la historia del Club Universidad de Chile, con 83 en su haber.
Posteriormente en el Torneo de Clausura llegaron a la final enfrentándose a su clásico rival la Universidad Católica, en la ida cayeron por 0-1[11] mientras que por la vuelta ganaron por 2-1 igualando 2-2 en el global y en penal la UC ganó por 5-4 con anotación final del argentino Jorge Quinteros.
[12] Sus buenas actuaciones en la "U" hicieron que Independiente lo fichase en 2006 llegando cedido al club argentino por 6 meses,[13] tuvo un pasó para el olvido jugando solo 5 encuentros y nunca logrando adaptarse al fútbol argentino.
[19] Una semana después igualaron sin goles en el Estadio Mineirão perdieron por la cuenta mínima diciendo adiós al máximo torneo continental por un global de 3-1,[20] Pepe Rojas jugó los 10 partidos de la U en aquella Libertadores marcando 1 gol.
Regresando al torneo local los azules llegaron a la final del Apertura 2009 jugando por el título contra la Unión Española, el duelo de ida se disputó el 4 de julio en el Estadio Nacional y ambas escuadras igualaron uno a uno, todo se definió tres días después en el Estadio Santa Laura y la U ganó por la cuenta mínima con solitario gol de Juan Manuel Olivera coronándose campeón del fútbol chileno por 13.ª vez en su historia.
[27] Por el Torneo Nacional 2010 terminaron en la cuarta posición con 64 puntos en 34 fechas, a diez del campeón Católica, esto les permitió jugar la Liguilla Pre-Libertadores para definir al equipo que iría como "Chile 3" a la Copa Libertadores 2011, algo que finalmente no ocurrió tras ser eliminados a manos de Unión Española en este "mini campeonato".
[32] Jose Rojas fue uno de los artífices en este título jugando 20 duelos por el Apertura 2011 estando 1.747 minutos en cancha y siendo pieza fundamental en la defensa azul.
[43] En la final del torneo se enfrentaron a Cobreloa, la ida se jugó el 26 de diciembre igualando 0-0 en el Estadio Zorros del Desierto y la vuelta en el Nacional la "U" goleó por 3-0 cerrando así un mágico 2011 con su tercer título anual.
[47] Sin embargo, se le detectó una arritmia cardíaca cuando se realizaba los exámenes médicos, por lo que el lunes 23 de enero,[48] el jugador confirmó que los médicos del club no quisieron arriesgarse a que firmara y, por lo tanto, retornó a la Universidad de Chile, aunque tres días después el 26 de enero se realizó un chequeo en la Clínica Las Condes de Santiago y según el diagnóstico se encontraba en "condiciones absolutamente normales".
[50] El 29 de abril con Rojas como titular se disputó una nueva edición del Superclásico entre la U y Colo Colo en el Estadio Nacional por el Apertura 2012, los azules se terminaron imponiendo por un categórico 5-0 con doblete de Matías Rodríguez y anotaciones de Marcelo Díaz más los juveniles Igor Lichnovsky y Ángelo Henríquez, el capitán azul salió al minuto 65 por Lichnovsky quien anotó el 3-0 cuatro minutos después.
[51] Al mismo tiempo los dirigidos por Jorge Sampaoli disputaban la Copa Libertadores 2012 llegaron a las semifinales del torneo tras quedar líderes en el Grupo 8 y eliminar a Deportivo Quito y Libertad en octavos y cuartos de final respectivamente, se encontraron con Boca Juniors en semis quedando eliminados tras perder 2-0 la ida en Argentina e igualar sin goles en Chile,[52][53] así quedaron aún paso de jugar su primera final de Copa Libertadores de América en su historia,[54] en lo individual Pepe Rojas jugó los 12 partidos de la U en el certamen continental jugando los 1.080 minutos disputados por los azules en el torneo.
Mientras tanto en el torneo local llegaron hasta la final del Apertura 2012 enfrentándose a O'Higgins.
[55] La revancha se disputó el 2 de julio en un Estadio Nacional repleto, la "U" ganó con el mismo marcador dejando 3-3 el global en un partido con algo de polémica, para los azules marcaron Charles Aránguiz y Guillermo Marino el 2-1 definitivo al minuto 90+2, mientras que Ramón Fernández marcó para los celestes, Rojas se fue expulsado al minuto 54 tras un entrevero con Julio Barroso,[56] la definición del título se definió en lanzamientos penales con Johnny Herrera como héroe de la tanda al atajar tres penales y en el último que atajó (a Enzo Gutiérrez) le dio a los azules la estrella 16 de su historia y su primer tricampeonato.
[69][70][71] El 19 de octubre se jugó una nueva versión del superclásico del fútbol chileno y por la Fecha 11 del Apertura 2014 y Colo-Colo derrotó 2-0 a la Universidad de Chile con goles de Paredes y Beausejour dejando al rojo vivo la lucha por el título,[72] Rojas se fue expulsado al minuto 58 por doble amarilla tras una falta sobre Felipe Flores a la entrada del área dejando a la U con 10 en ese momento y recibió una fecha de sanción junto a su compañero Osvaldo González.
[79] Para el inicio del segundo semestre el capitán azul cambió su histórico dorsal 13 a la camiseta número 3.
[85][86] Un día después jugó su último partido con la U por la última fecha del Torneo de Apertura 2015 contra Huachipato en el Estadio Nacional Julio Martínez Pradanos antes del partido Rojas fue recibido con una ovación por parte de toda la hinchada azul, en el último partido azul del año Sebastián Ubilla abrió el marcador al minuto 17 que contó con toques de casi todo el plantel, y luego cruzó toda la cancha para dedicárselo a Rojas, trece minutos después Leonardo Valencia puso el 2-0 parcial con el que se fueron al descanso, al minuto 56 de partido Martín Lasarte decidió sacar a Pepe Rojas quien se despidió de su hinchada bajo una ovación, aplausos y abrazos de sus compañeros siendo sustituido por Gonzalo Espinoza, ya en los minutos finales Luciano Vázquez puso el descuento para los acereros terminando el partido con un triunfo 2-1 para la U en las despedidas de Rojas y Lasarte.
[91] Debutó con su nuevo club el 7 de febrero por la jornada inaugural del Campeonato de Primera División contra su ex club Independiente partido que terminaron perdiendo por 1-0 teniendo un buen debut según la prensa argentina.
[107] El 27 de mayo se concretó el ascenso del Lorca FC a la Segunda División de España tras igualar 0-0 con el Albacete Balompié,[108] En su paso por el Lorca jugó 17 partidos marcando 2 goles y consiguiendo el ascenso a la segunda división del fútbol español.
[116] La selección no clasificó al Mundial tras finalizar penúltimos en el Grupo B con 3 puntos.
[125] El 28 de junio debutó en el Mundial en el duelo contra Brasil en el Estadio Mineirao por los octavos de final ingresando al minuto 108 por Gary Medel (quien salió bajo una ovación de los hinchas chilenos), una vez finalizado el alargue acabaron 1-1 y en penales Brasil ganó por 3-2 luego que Gonzalo Jara estrellara su disparo al palo izquierdo del portero Júlio César en un partido muy parejo en el que "La Roja" estuvo a punto de dar el batacazo del Mundial.
[138][139] Rojas jugó regularmente durante las Clasificatorias al Mundial de Brasil 2014, disputando 7 partidos.
La clasificación al Mundial se consiguió tras vencer a Ecuador el 15 de octubre de 2013, logrando el tercer lugar con 28 puntos siendo un hito histórico para el fútbol chileno ya que por primera vez se clasificó a 2 mundiales seguidos en cancha.