El resultado del referéndum fue favorable al mantenimiento de la ley, que permaneció vigente.
En 2010 el Frente Amplio presentó un proyecto que en los hechos, anulaba los artículos 1.º, 3.º y 4.º de la ley.
[8] Si bien la ley nunca fue anulada ni derogada, los hechos ocurridos en el año 2011 determinaron que sus efectos fueran eliminados del ordenamiento jurídico del Uruguay hasta el año 2013, en que la Suprema Corte de Justicia declaró inconstitucionales dos artículos de la Ley 18.831.
[9] Esto puede tener la consecuencia de que deban archivarse las causas abiertas desde 2011 a policías y militares por delitos cometidos durante la dictadura.
El gobierno de Sanguinetti intentó dilatar las citaciones a los militares implicados en los hechos denunciados, habilitando que la Justicia Militar (dependiente del Poder Ejecutivo) reivindicara su competencia para entender en estos, lo que dio lugar a contiendas de competencia entre la Justicia Militar y la común, las que debieron dirimirse ante la Suprema Corte de Justicia.
Sin embargo, tanto el Frente Amplio como el Partido Nacional (y en particular su líder Ferreira Aldunate) se oponían a toda concesión de impunidad a los crímenes cometidos bajo la dictadura.
En 1986, la máxima autoridad judicial dictaminó que era competente para actuar en las investigaciones la Justicia ordinaria.
Ante ello, el Comandante del Ejército, teniente general Hugo Medina, declaró que las citaciones estaban en una caja fuerte de su despacho, lo que hacía presumir un posible desacato a las decisiones del Poder Judicial.
En 1991 Medina amplió su visión de esos hechos declarando «.. Es que si no se votaba la Ley de Caducidad, yo sabía que no podíamos quedarnos en la mitad del camino.
Según Sanguinetti, cuando no hubiera más remedio Medina concurriría personalmente a los juzgados, asumiendo toda la responsabilidad como comandante en jefe.
La amnistía hacia la guerrilla vino y entonces quedamos enfrentados a una dualidad moral: para los que quisieron derrumbar la democracia, perdón; para los que primero la defendieron y luego la secuestraron, paredón.
[14] El gobierno de Sanguinetti envió al parlamento un proyecto de amnistía lisa y llana para los delitos cometidos durante la dictadura, que fue rechazado rápidamente por la mayoría formada por el Partido Nacional y el Frente Amplio.
Seguidamente la bancada del Partido Nacional presentó otro proyecto que establecía algunas limitaciones a una amnistía similar.
Afirmando que los partidos políticos participantes del Pacto, -quienes negaban haber contraído expresa o implícitamente ese compromiso-,[15] ahora desconocían el acuerdo alcanzado,[16] el wilsonismo se sumó a la voluntad del gobierno de aprobar una ley para acabar con los procesos judiciales por este tema.
[17] Partido Nacional: Gonzalo Aguirre, Luis Alberto Lacalle, Francisco Mario Ubillos, Juan Raúl Ferreira Sienra, Carminillo Mederos, Alberto Zumarán, Guillermo García Costa, Dardo Ortiz Acto seguido fue tratada por la Cámara de Diputados, cuya votación finalizó en la madrugada del lunes 22.
Luego de aprobada la norma, hubo varias iniciativas para eliminarla del ordenamiento jurídico uruguayo.
En ningún momento de la historia del Uruguay existieron imputaciones tan graves contra su Corte Electoral.
En definitiva, sin embargo, se declaró (ya entrado el año en 1989) que las firmas eran suficientes.
Obtuvo mayoría en la capital (Montevideo) pero quedó en situación fuertemente minoritaria en el interior del país.
Esta decisión popular implicó un debate ético en la ciudadanía, causando no pocas divisiones, y llevó a que durante 20 años los gobiernos dieran por laudada la discusión sobre las violaciones de los derechos humanos durante el período dictatorial.
El PIT-CNT, Madres y Familiares de Uruguayos Detenidos Desaparecidos, la FEUU (Federación de Estudiantes Universitarios del Uruguay), el semanario Brecha, y algunos grupos frenteamplistas (PCU, NE, PVP), desarrollaron una campaña para anular la ley que, afirmaban, violaba convenios internacionales sobre Derechos Humanos que Uruguay había ratificado y además era nula porque reconocía la presión militar como fuente del Derecho.
[1] La Suprema Corte remitió el planteo a los que "podían tener interés en defender la ley",[1] es decir al Poder Ejecutivo y al Legislativo, a fin de que estos se expidieran sobre su constitucionalidad.
Cabe destacar que los recursos de inconstitucionalidad en Uruguay solo afectan el caso particular sobre el cual son presentados, aunque pueden sentar un precedente que pueda ser utilizado en futuras causas judiciales.
En el expediente se investigan las muertes de Óscar Fernández Mendietta, Gerardo Alter, Walter Hugo Arteche, Gilberto Goghlan, Aldo Perrini, Iván Morales, Óscar Olveira, Amelia Lavagna, Carlos Curuchaga, Pedro Lerena, Carlos Argenta, Julián López, Nicanor Aldabalde, Eduardo Mondello, Ivo Fernández, Silvina Saldaña y Humberto Pascaretta.
Al tener modificaciones, este nuevo proyecto debió ser votado nuevamente en diputados, lo cual estaba planificado se votara el 4 de mayo,[36] aunque terminó tratándose en una extensa sesión que comenzó el 19 de mayo y culminó al día siguiente.
Esto permitió distintas investigaciones sobre violaciones a los derechos humanos en ese período y el enjuiciamiento de los responsables.
Se hallaron los restos de dos desaparecidos que fueron entregados a sus familiares en Argentina.
En 2005 el presidente Tabaré Vázquez solicitó informes a las tres armas de las Fuerzas Armadas sobre personas desaparecidas.