Tras retirarse del Ejército en febrero de 1987, Medina fue designado en noviembre del mismo año Ministro de Defensa Nacional, cargo en el que se mantuvo hasta 1990.

En una entrevista con César Di Candia, en 1991, Medina se convirtió en el primer militar uruguayo que admitió haber participado en torturas durante el régimen militar.

Di Candia le preguntó: "¿Dio órdenes de torturar?".

En dicha organización participaron también el exmilitante tupamaro Mauricio Rosencof y otras personalidades como Carlos Maggi, Danilo Astori, Ricardo Zerbino, Ignacio de Posadas, Gonzalo Aguirre, Enrique Baliño y monseñor Luis del Castillo.

[1]​[2]​ Hugo Medina falleció en Montevideo, a consecuencia de una crisis cardíaca.