Ingresó en la Academia Militar Nacional en 1940, en la que se graduó como oficial del Regimiento de Caballería (1946-1959).
Su ascenso a la Comandancia del Ejército generó divisiones internas en el arma.
El general Amaury Prantl y su lugarteniente, José Nino Gavazzo, pagaron su enfrentamiento con el nuevo comandante en jefe con 60 días de arresto a rigor.
Fue sometido a prisión preventiva, siendo recluido en una nueva cárcel especial construida para militares involucrados en crímenes de lesa humanidad, ubicada en la calle Domingo Arena esquina Zapadores en Montevideo.
La suspensión de los haberes fue ejecutada automáticamente en forma inmediata a su procesamiento, por las oficinas liquidadoras del BPS.
La fiscalía argumentó que debía estar al corriente de los traslados de prisioneros políticos entre Buenos Aires y Montevideo, cuyos restos no han sido encontrados.
[7] Además de Gregorio Álvarez, el exmarino Juan Carlos Larcebeau también fue condenado por 29 homicidios.
Por entonces tuvo como secuelas una parálisis que le impidió dar declaraciones en las causas judiciales en su contra.
El 14 de diciembre del año siguiente fue nuevamente internado, esta vez por problemas cardíacos.