Alejandro Villanueva fue el primer ídolo de la institución y formó parte del Rodillo negro que consiguió 5 títulos nacionales en 7 años.
Con el club obtuvo dos títulos nacionales y además se consagró goleador del campeonato en 2 ocasiones, siendo además, el máximo goleador histórico de los aliancista en la Copa Libertadores de América con 13 anotaciones.
En el nuevo milenio destaca la figura de Jefferson Farfán, quien jugó en el primer equipo por 4 temporadas y consiguió 3 títulos nacionales, siendo vendido al PSV Eindhoven por 3.5 millones de euros en 2004, convirtiéndose en el futbolista más caro en ser vendido por un club peruano.
Otros grandes futbolistas que tuvieron el honor de jugar por el club son César Cueto, Hugo Sotil, Alejandro Villanueva, José María Lavalle, Juan Valdivieso, Guillermo La Rosa, José Velásquez, Carlos Gómez Sánchez, Óscar Gómez Sánchez, Víctor Benítez,[7] Juan Joya, Guillermo Barbadillo, Freddy Ravello, José Soto, Henry Quinteros, Claudio Pizarro, Wilmer Aguirre, André Carrillo, Paolo Hurtado, Christian Ramos, Wilder Cartagena, Miguel Araujo, Christian Cueva y Leao Butrón.
En cuanto a futbolistas foráneos, el primero que jugó por Alianza Lima fue el uruguayo Romeo Parravicini.
[8][9] Luego con el tiempo se fueron sumando jugadores como Marquinho,[10] Palhinha,[11] Rosinaldo Lopes,[12] Eduardo Esidio (Brasil); Martín Ligüera,[13] Nelson Olveira,[14] Wálter Ibáñez,[15] Gustavo Roverano,[16] Luis Aguiar (Uruguay); Fernando Martel,[17] Rodrigo Pérez, Óscar Wirth, René Pinto, José Letelier, «Pancho» Huerta, Parcko Quiroz (Chile); Nicolás Tagliani, Leandro Fleitas, Pedro Monzón, Carlos Enrique, Amadeo Carrizo (partido amistoso vs Dinamo de Moscú de Lev Yashin), Gustavo Barros Schelotto, Gustavo Tempone, Claudio Velásquez (Argentina); Luis Saritama (Presente en los mundiales del 2006 y 2014), Jhonny Baldeón, Jacinto Espinoza, Augusto Poroso (Presente en el mundial del 2002) (Ecuador); Malher Tressor Moreno, Víctor Hugo Marulanda, Johnnier Montaño y René Higuita (partido amistoso vs Universitario de Deportes), (Colombia); Freddy Elie y Ricardo Páez (Venezuela); Gonzalo Galindo (Bolivia); Roberto Ovelar y Edgar Gonzales (Paraguay).
Plantel Campeón completo: Arqueros: George Forsyth, Juan Goyoneche, Joel Pinto, Francisco Pizarro; Defensas: Ismael Alvarado, Ernesto Arakaki, Manuel Corrales, Jair Yglesias, Rodrigo Pérez, Guillermo Salas, Santiago Salazar, José Soto, Omar Zegarra; Mediocampistas: Marko Ciurlizza, Rinaldo Cruzado, Gonzalo Galindo, Roberto Guizasola, Enrique Ísmodes, Juan Jayo, Juan Carlos La Rosa, Martín Ligüera, Fernando Martel, Aldo Olcese, Junior Viza; Delanteros: Wilmer Aguirre, Carlos Elías, Johan Fano, Flavio Maestri, Carlos Orejuela, Roberto Silva.
Plantel Campeón completo: Arqueros: Daniel Prieto, Ángelo Campos, Leao Butrón, Carlos Gómez Urrutia; Defensas: Miguel Araujo, Hansell Riojas, Gonzalo Godoy, Francisco Duclós, Fabio Rojas, Anthony Lavalle, Alexis Cossio, Paolo de la Haza, Luis Garro, Juan Diego Li; Mediocampistas: Aldair Fuentes, Rinaldo Cruzado, José Cotrina, Alexander Llanos, Carlos Ascues, Óscar Vílchez, Luis Aguiar, Diego Carabaño, José Marina, Luis Ramírez; Delanteros: Germán Pacheco, Alejandro Hohberg, Erinson Ramírez, Kevin Quevedo, Gabriel Leyes, Aurelio Gonzales-Vigil, Lionard Pajoy, Alfredo Carrillo, Ronaldo Alguedas Alineación probable:
Plantel Subcampeón completo : Arqueros: Leao Butron, Pedro Gallese, Franco Saravia, Ítalo Espinoza.
Defensas: Carlos Beltrán, José Guidino, Gonzalo Godoy, Anthony Rosell, Aldair Salazar, Rodrigo Cuba, Hansell Riojas, Francisco Duclós, Dylan Caro, Kluiverth Aguilar.
Mediocampistas: Joazhiño Arroé, Wilder Cartagena, Rinaldo Cruzado, Tomás Costa, Felipe Rodríguez, José Manzaneda, Aldair Fuentes, Luis Ramírez, Miguel Cornejo.
Delanteros: Adrián Ugarriza, Gonzalo Sánchez, Kevin Ferreyra, José Gallardo, Kevin Quevedo, Mauricio Matzuda, Mauricio Affonso, Christian Adrianzén, Adrián Balboa, Federico Rodríguez Alineación probable:
Plantel Campeón completo: Arqueros: Ángelo Campos, Steven Rivadeneyra, Franco Saravia, Ángel de la Cruz; Defensas: Pablo Míguez, Jonathan Lacerda, Jefferson Portales, Yordi Vílchez, Carlos Montoya, Fabio Rojas, Erick Canales, Kluiverth Aguilar, Dylan Caro; Mediocampistas: Josepmir Ballón, Oswaldo Valenzuela, Axel Moyano, Edhu Oliva, Ricardo Lagos, Oslimg Mora, Óscar Pinto, Mauricio Matzuda, José Gallardo, José Manzaneda, Javier Navea, Miguel Cornejo, Édgar Benítez, Jairo Concha; Delanteros: Arley Rodríguez, Aldair Rodríguez, Gonzalo Sánchez, Sebastián Gonzales Zela, Wilmer Aguirre, Jefferson Farfán, Hernán Barcos Alineación probable:
Plantel Campeón completo: Arqueros: Ángelo Campos, Franco Saravia, Jonathan Medina, Ángel de la Cruz; Defensas: Pablo Míguez, Christian Ramos, Jefferson Portales, Yordi Vílchez, Carlos Montoya, Fabio Rojas, Gino Peruzzi, Ricardo Lagos, Nicolás Amasifuén, Sebastián Cavero; Mediocampistas: Josepmir Ballón, Oswaldo Valenzuela, Javier Navea, Aldair Fuentes, Oslimg Mora, Miguel Cornejo, Edgar Benítez, Pablo Lavandeira, Jairo Concha; Delanteros: Arley Rodríguez, Óscar Pinto, Aldair Rodríguez, Mauricio Matzuda, Darlin Leiton, Cristian Benavente, Paolo Hurtado, Juan Pablo Goicochea, Wilmer Aguirre, Jefferson Farfán, Sebastien Pineau, Hernán Barcos Alineación probable:
Plantel Subcampeón completo: Arqueros: Ángelo Campos, Franco Saravia, Ítalo Espinoza, Sebastián Amasifuén; Defensas: Pablo Míguez, Santiago García, Jhosenffer Yllescas, Yordi Vílchez, Carlos Montoya, Carlos Zambrano, Gino Peruzzi, Ricardo Lagos, Nicolás Amasifuén, Edinson Chávez, Paulo Mesías, Jussepi García; Mediocampistas: Josepmir Ballón, Jesús Castillo, Oswaldo Valenzuela, Javier Navea, Andrés Andrade, Jorge del Castillo, Mauricio Arrasco, Jhoao Velásquez, Jairo Concha, Adriano Neciosup, Enzo Borletti, Bassco Soyer, Pablo Lavandeira, Christian Cueva; Delanteros: Óscar Pinto, Aldair Rodríguez, Cristian Benavente, Gabriel Costa, Juan Pablo Goicochea, Pablo Sabbag, Franco Zanelatto, Bryan Reyna, Hernán Barcos